当前蛋白身份：P61081
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1TT5 Structure of APPBP1-UBA3-Ubc12N26: a unique E1-E2 interaction required for optimal conjugation of the ubiquitin-like protein NEDD8 提交 2004-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–26（26 aa）
片段：residues 1-26
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å R-free 0.279 |
| 1TT5 Structure of APPBP1-UBA3-Ubc12N26: a unique E1-E2 interaction required for optimal conjugation of the ubiquitin-like protein NEDD8 提交 2004-06-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–26（26 aa）
片段：residues 1-26
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å R-free 0.279 |
| 1Y8X Structural basis for recruitment of Ubc12 by an E2-binding domain in NEDD8's E1 提交 2004-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
27–183（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 2NVU Structure of APPBP1-UBA3~NEDD8-NEDD8-MgATP-Ubc12(C111A), a trapped ubiquitin-like protein activation complex 提交 2006-11-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–183（183 aa）
|
突变：del(S16-T20), C111A | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；291 K；17% v/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M Disodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.00
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 3TDU N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
2–15（14 aa）
片段：unp residues 2-15
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；276 K；27% PEG1500, 0.1M MIB, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.232 |
| 3TDU N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
2–15（14 aa）
片段：unp residues 2-15
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；276 K；27% PEG1500, 0.1M MIB, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.232 |
| 3TDZ N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-stapled acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
2–12（11 aa）
片段：unp residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21% PEG3350, 0.2M KCl, pH Unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 3TDZ N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-stapled acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
2–12（11 aa）
片段：unp residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21% PEG3350, 0.2M KCl, pH Unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 4GAO DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide 提交 2012-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.296 |
| 4GAO DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide 提交 2012-07-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.296 |
| 4GAO DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide 提交 2012-07-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.296 |
| 4GAO DCNL complex with N-terminally acetylated NEDD8 E2 peptide 提交 2012-07-25 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；20% PEG2000 MME, 0.1M NaBr, 3% sorbitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.296 |
| 4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
2–183（182 aa）
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突变：N103S, C111S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.284 |
| 4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
2–183（182 aa）
|
突变：N103S, C111S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.284 |