当前蛋白身份：P61960
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WXS Solution Structure of Ufm1, a ubiquitin-fold modifier 提交 2005-02-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–85（85 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成
0.1mM Ufm1 U-13C,15N; 10mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5HKH Crystal structure of Ufm1 in complex with UBA5 提交 2016-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–83（82 aa）
链 C
2–83（82 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate, 30% polyethylene glycol 8000, 0.05 M sodium cacodylate, pH 8.0
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分辨率 2.55 Å R-free 0.248 |
| 5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–83（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000
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分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–83（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–83（83 aa）
片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–83（83 aa）
片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350
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分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–83（83 aa）
链 D
1–83（83 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350
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分辨率 1.85 Å R-free 0.206 |
| 5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
4–83（80 aa）
链 D
4–83（80 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
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分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–78（78 aa）
链 T
1–78（78 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 R
1–78（78 aa）
链 S
1–78（78 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 7W3N Crystal structure of Ufm1 fused to UFBP1 UFIM 提交 2021-11-25 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–83（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1M MES at pH 6.0
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分辨率 1.60 Å R-free 0.200 |
| 8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–83（83 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate
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分辨率 1.78 Å R-free 0.226 |
| 8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–85（85 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.10 Å |
| 8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–85（85 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å |
| 8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–85（85 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.90 Å |
| 9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–85（85 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |