当前蛋白身份：P62992
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4M0W Crystal Structure of SARS-CoV papain-like protease C112S mutant in complex with ubiquitin 提交 2013-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；18% PEG 3000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.180 |
| 4Y1H Crystal structure of K33 linked tri-Ubiquitin 提交 2015-02-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Bis Tris propane (pH 7.5), 20mM sodium/potassium phosphate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.194 |
| 4Z9S Non-covalent assembly of monoubiquitin that mimics K11 poly-ubiquitin 提交 2015-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 C
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D
1–76（76 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-76
|
未记录 | MLA MALONIC ACID × 6 SCN THIOCYANATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 4；292 K；3.4M SODIUM MALONATE, 0.1 M SODIUM THIOSUCCINATE PH4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.223 |
| 5BZ0 Crystal structure of IBV papain-like protease PLpro C101S mutant in complex with ubiquitin 提交 2015-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000.
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分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 5FER Complex of TRIM25 RING with UbcH5-Ub 提交 2015-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
链 F
1–76（76 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG 20000 and 100 mM Tris pH 8.5
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.273 |
| 5JQS Crystal structure of deubiquitinase MINDY-1 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
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未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；100mM MES, 10% Dioxane and 1.6 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.231 |
| 5MN9 Crystal structure of MINDY-1 tMIU in complex with K48-diUb 提交 2016-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293.15 K；100 mM sodium acetate pH 5.4 and 18.5 % PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.223 |
| 5XU8 Crystal structure of human USP2 in complex with ubiquitin and 6-thioguanine 提交 2017-06-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | DX4 2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；24.5% PEG3350, 0.2 M MgC12, 0.1 M Bis-Tris
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.238 |
| 5XVE Crystal structure of human USP2 C276S mutant in complex with ubiquitin 提交 2017-06-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
片段：UNP residues 1-76
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；21% PEG3350, 8% Tacsimate (pH8.0)
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.164 |
| 6DJW Crystal Structure of pParkin (REP and RING2 deleted)-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–74（74 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% w/v PEG2000 MME, 0.1 M potasssium chloride
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.297 |
| 6DJX Crystal Structure of pParkin-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 6% isopropanol, 50 mM magnesium chloride, 5% w/v PEG4000
|
分辨率 4.80 Å R-free 0.290 |
| 6E2B Ubiquitin in complex with Pt(2-phenilpyridine)(PPh3) 提交 2018-07-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
链 C
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
链 G
1–76（76 aa）
链 I
1–76（76 aa）
链 P
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 8 PT7 chloro[2-(pyridin-2-yl-kappaN)phenyl-kappaC~1~](triphenyl-lambda~5~-phosphanyl)platinum(2+) × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；3M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate buffer, pH 5.5
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.207 |
| 6Q01 TDP2 UBA Domain Bound to Ubiquitin at 0.85 Angstroms Resolution, Crystal Form 2 提交 2019-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 2 BEZ BENZOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 150 mM Magnesium Formate, 200 mM Potassium Formate, 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 0.85 Å R-free 0.114 |
| 6Q01 TDP2 UBA Domain Bound to Ubiquitin at 0.85 Angstroms Resolution, Crystal Form 2 提交 2019-08-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 150 mM Magnesium Formate, 200 mM Potassium Formate, 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 0.85 Å R-free 0.114 |
| 7F0U porcine epidemic diarrhea virus papain-like protease 2 C44S mutant in complex with mono ubiquitin 提交 2021-06-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；19% PEG-3350, 50 mM HEPES pH 8.0 and 1% w/v tryptone
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.260 |
| 7F0U porcine epidemic diarrhea virus papain-like protease 2 C44S mutant in complex with mono ubiquitin 提交 2021-06-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；19% PEG-3350, 50 mM HEPES pH 8.0 and 1% w/v tryptone
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.260 |
| 7NWH Mammalian pre-termination 80S ribosome with eRF1 and eRF3 bound by Blasticidin S. 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 ff
83–150（68 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 281 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 BLS BLASTICIDIN S × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4
100 mM KOAc
5 mM Mg(Oac)2
1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30s sample incubation on grid followed by 1.1s blotting time.
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分辨率 4.10 Å |