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Protein Structures and Oligomeric States

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Current Protein Identity：P63081 New Search
15PDB entries
15Biological assembly
135chain/assembly records
Main Difference Dimensions in This Set
Different construct Different assembly state Different ligand/ion Different experimental conditions Different structure-quality metrics

Difference tags compare only the current result set; every original PDB and assembly record remains separate.

Related-Structure Differences

Each row represents one biological assembly in one PDB entry; multiple monomers of the same protein are listed separately.

PDB Entry Assembly / Oligomeric State Construct Mutations and Modifications Ligands, Ions and Non-polymers Experimental Method Experimental Conditions Structure Quality
6VQ6 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) Deposited 2020-02-04 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 34 PDB declaration: 34-meric（34） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.90 Å
6VQ7 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) Deposited 2020-02-04 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 34 PDB declaration: 34-meric（34） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 4.00 Å
6VQ8 Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) Deposited 2020-02-04 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 34 PDB declaration: 34-meric（34） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.90 Å
6VQC Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 1 (from focused refinement) Deposited 2020-02-04 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 18 PDB declaration: octadecameric（18） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.80 Å
6VQG Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 2 (from focused refinement) Deposited 2020-02-05 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 18 PDB declaration: octadecameric（18） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 4.20 Å
6VQH Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 3 (from focused refinement) Deposited 2020-02-05 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 18 PDB declaration: octadecameric（18） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 4.40 Å
7UZF Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 1 Deposited 2022-05-09 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 35 PDB declaration: 35-meric（35） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.80 Å
7UZG Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 1 Deposited 2022-05-09 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 35 PDB declaration: 35-meric（35） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.70 Å
7UZH Rat Kidney V-ATPase with SidK, State 2 Deposited 2022-05-09 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 35 PDB declaration: 35-meric（35） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.80 Å
7UZI Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 2 Deposited 2022-05-09 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 36 PDB declaration: 36-meric（36） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE-PROPANE
Resolution 3.90 Å
8XLI Structure of the Vo sector of V-ATPase in the adult cortex and hippocampus Deposited 2023-12-26 Assembly 1 Other combination Heteromer；Protein × 16 PDB declaration: hexadecameric（16） Consistent with protein count
Chain g 6–155（150 aa）
Chain h 6–155（150 aa）
Chain i 6–155（150 aa）
Chain j 6–155（150 aa）
Chain k 6–155（150 aa）
Chain l 6–155（150 aa）
Chain m 6–155（150 aa）
Chain n 6–155（150 aa）
Chain o 6–155（150 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 8
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.90 Å
9B8O Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, Vo Deposited 2024-03-31 Assembly 1 Other combination Heteromer；Protein × 19 PDB declaration: nonadecameric（19） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 CLR CHOLESTEROL × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.4
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.20 Å
9BRB Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 Deposited 2024-05-11 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 36 PDB declaration: 36-meric（36） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.60 Å
9BRC Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 2 Deposited 2024-05-11 Assembly 1 Protein heterocomplex Heteromer；Protein × 36 PDB declaration: 36-meric（36） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded No recorded non-water small molecule ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.90 Å
9BRD Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 Deposited 2024-05-11 Assembly 1 Other combination Heteromer；Protein × 36 PDB declaration: 36-meric（36） Consistent with protein count
Chain g 1–155（155 aa）
Chain h 1–155（155 aa）
Chain i 1–155（155 aa）
Chain j 1–155（155 aa）
Chain k 1–155（155 aa）
Chain l 1–155（155 aa）
Chain m 1–155（155 aa）
Chain n 1–155（155 aa）
Chain o 1–155（155 aa）
Not recorded ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 5 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 9 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 LP3 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 CLR CHOLESTEROL × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM buffer pH 7.5
cryo-EM vitrification conditions Cryogen ETHANE
Resolution 3.50 Å

This page presents structural evidence recorded in PDB/mmCIF.“No recorded non-water small molecule” does not prove that the experimental sample was ligand-free; experimental conditions belong to the PDB experiment, while ligands and copy counts are shown for each biological assembly.