当前蛋白身份：P75960
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1S5P Structure and substrate binding properties of cobB, a Sir2 homolog protein deacetylase from Eschericia coli. 提交 2004-01-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–274（235 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.96 Å R-free 0.270 |
| 6RXJ Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–254（215 aa）
片段：H4K16Ac
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 22% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.188 |
| 6RXJ Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–254（215 aa）
片段：H4K16Ac
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 22% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.188 |
| 6RXK Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Butyryl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22% PEG 3350
0.1M Bis-Tris
0.03 mM HCL
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.188 |
| 6RXL Crystal structure of CobB wt in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1 M Bis-Tris
22% PEG 3350
0.03 M HCl
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.250 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXM Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.03 HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 6RXO Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162A) in complex with H4K16-Buturyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.215 |
| 6RXO Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162A) in complex with H4K16-Buturyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–279（240 aa）
|
突变：A76G, I131C, V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.215 |
| 6RXP Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 6RXP Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16-Crotonyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXQ Crystal structure of CobB Ac2 (A76G,I131C,V162A) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after soaking 提交 2019-06-08 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
40–279（240 aa）
片段：H4K16Cr
|
突变：A76G,I131C,V162A | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 mM Bis-Tris, 0.03M HCl, 23% PEG3350, soaked 36h with 1 mM NAD+
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
未记录 | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
40–279（240 aa）
|
未记录 | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
40–279（240 aa）
|
未记录 | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXR Crystal structure of CobB Ac2 (A76G, I131C, V162G) in complex with H4K16Cr-2'OH-ADPr peptide intermediate after co-crystallisation 提交 2019-06-08 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
40–279（240 aa）
|
未记录 | KMQ [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-4-[(~{E})-but-2-enoxy]-3,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.02 M HCl, 22% PEG 3350, 1 mM NAD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 6RXS Crystal structure of CobB Ac3(A76G,Y92A, I131L, V187Y) in complex with H4K16-Acetyl peptide 提交 2019-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
40–279（240 aa）
|
突变：A76G,Y92A, I131L, V187Y | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris, 0.03 M HCl, 23% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.205 |