当前蛋白身份：P80256
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DFE NMR STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L36 FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1999-11-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–37（37 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1DGZ RIBOSMAL PROTEIN L36 FROM THERMUS THERMOPHILUS: NMR STRUCTURE ENSEMBLE 提交 1999-11-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–37（37 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 4L47 Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U on the Ribosome 提交 2013-06-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 325 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.260 |
| 4L47 Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U on the Ribosome 提交 2013-06-07 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 354 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.260 |
| 4LEL Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCG-G on the Ribosome 提交 2013-06-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 321 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.298 |
| 4LEL Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCG-G on the Ribosome 提交 2013-06-25 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 349 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.298 |
| 4LFZ Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U in the Absence of Paromomycin 提交 2013-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 320 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.92 Å R-free 0.265 |
| 4LFZ Crystal Structure of Frameshift Suppressor tRNA SufA6 Bound to Codon CCC-U in the Absence of Paromomycin 提交 2013-06-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 354 ZN ZINC ION × 3 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.92 Å R-free 0.265 |
| 4LNT Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-U on the Ribosome 提交 2013-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 325 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.265 |
| 4LNT Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-U on the Ribosome 提交 2013-07-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 352 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.265 |
| 4LSK Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG-G on the Ribosome 提交 2013-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 321 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.270 |
| 4LSK Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCG-G on the Ribosome 提交 2013-07-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 351 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.48 Å R-free 0.270 |
| 4LT8 Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-G on the Ribosome 提交 2013-07-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 324 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.262 |
| 4LT8 Crystal Structure of tRNA Proline (CGG) Bound to Codon CCC-G on the Ribosome 提交 2013-07-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 Y9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 352 PAR PAROMOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN, 10mM MgCl2, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.262 |
| 4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 B8
1–37（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.323 |
| 4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 B8
1–37（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.326 |
| 4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 B8
1–37（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.51 Å R-free 0.345 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 B9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 D9
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 19
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1492 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 29
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1113 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 19
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1422 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 29
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 940 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 19
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1474 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 29
1–37（37 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 955 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |