当前蛋白身份：P95493
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CVR Crystal structure of the Arg specific cysteine proteinase gingipain R (RGPB) 提交 1999-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
230–664（435 aa）
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未记录 | H37 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；15 % PEG 8000 100 MM ZINC ACETATE 100 MM SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.207 |
| 4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
25–229（205 aa）
链 B
230–662（433 aa）
片段：UNP residues 230-662
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 1 BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
25–229（205 aa）
链 D
230–662（433 aa）
片段：UNP residues 230-662
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
25–229（205 aa）
链 F
230–662（433 aa）
片段：UNP residues 230-662
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 4IEF Complex of Porphyromonas gingivalis RgpB pro- and mature domains 提交 2012-12-13 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
25–229（205 aa）
链 H
230–662（433 aa）
片段：UNP residues 230-662
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BA BARIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；14% polyethylene glycol 6000, 0.1M sodium acetate, 0.2M calcium chloride, 0.01 M barium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.225 |
| 5AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
577–736（160 aa）
片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300
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分辨率 1.90 Å R-free 0.202 |
| 5AG8 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
577–736（160 aa）
片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.202 |
| 5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
577–736（160 aa）
片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4
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分辨率 2.11 Å R-free 0.254 |
| 5AG9 CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665sXa) C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB 提交 2015-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
577–736（160 aa）
片段：IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
30% PEG 4000,0.2 M (NH4)2SO4
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分辨率 2.11 Å R-free 0.254 |
| 5HFS CRYSTAL STRUCTURE OF C-TERMINAL DOMAIN OF CARGO PROTEINS OF TYPE IX SECRETION SYSTEM 提交 2016-01-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
665–736（72 aa）
链 B
665–736（72 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 3350, Lithium sulphate, Bis Tris
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分辨率 1.97 Å R-free 0.247 |