当前蛋白身份：Q01780
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CPR Solution structure of the HRDC domain of human Exosome component 10 提交 2005-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
483–593（111 aa）
片段：HRDC
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.45mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
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突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
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突变：D313N | YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
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突变：D313N | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：Y436A | YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.65 Å R-free 0.265 |
| 3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：Y436A | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 2.65 Å R-free 0.265 |
| 6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–648（648 aa）
链 J
705–804（100 aa）
|
突变：D313N 突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 J
1–648（648 aa）
链 J
705–804（100 aa）
|
突变：D313N 突变：D313N | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 7MQA Cryo-EM structure of the human SSU processome, state post-A1 提交 2021-05-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NV
1–885（885 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 64 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |