当前蛋白身份：Q02767
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–147（147 aa）
片段：RESIDUES 1-147
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.357 |
| 2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–147（147 aa）
片段：RESIDUES 1-147
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.357 |
| 2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
13–125（113 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
13–125（113 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)
|
突变：C101A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
13–125（113 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)
链 E
13–125（113 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)
|
突变：C101A 突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.256 |
| 2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
13–118（106 aa）
片段：Vps28N-terminal domain (13-118)
|
突变：C101A | MG MAGNESIUM ION × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
13–118（106 aa）
片段：Vps28N-terminal domain (13-118)
|
突变：C101A | DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 10 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
148–241（94 aa）
链 G
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 11 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
148–241（94 aa）
链 F
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 8 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
148–241（94 aa）
链 B
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2G3K Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28 提交 2006-02-20 | Assembly 9 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
148–241（94 aa）
链 B
148–241（94 aa）
链 F
148–241（94 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS
100 mM sodium acetate
, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
148–242（95 aa）
片段：RESIDUES 148-242
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.260 |
| 2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
148–242（95 aa）
片段：RESIDUES 148-242
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.260 |
| 2J9V 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus 提交 2006-11-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
148–242（95 aa）
片段：RESIDUES 148-242
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；4% PEG 400, 0.1M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE (PH5.6), pH 5.60
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.255 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |
| 2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–118（118 aa）
片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)
|
突变：C101A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM
DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.315 |