当前蛋白身份：Q08751
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BVZ ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 提交 1998-09-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
片段：N,A,B.C
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.1；pH 6.1
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.272 |
| 1BVZ ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 提交 1998-09-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
片段：N,A,B.C
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.1；pH 6.1
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.272 |
| 1G1Y CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 AND BETA-CYCLODEXTRIN COMPLEX 提交 2000-10-16 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：E354A 突变：E354A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；284 K；MES, PEG6000, Calcium chloride, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 1JF5 CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 ALPHA-AMYLASE 2 MUTANT F286A 提交 2001-06-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：F286A 突变：F286A | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.273 |
| 1JF6 Crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-amylase mutant F286Y 提交 2001-06-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：F286Y 突变：F286Y | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG600, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.282 |
| 1JI2 Improved X-ray Structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-Amylase 2 提交 2001-06-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.224 |
| 1JIB Complex of Alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with Maltotetraose Based on a Crystal Soaked with Maltohexaose. 提交 2001-07-02 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；PEG6000, MES, CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 1JIB Complex of Alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with Maltotetraose Based on a Crystal Soaked with Maltohexaose. 提交 2001-07-02 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；PEG6000, MES, CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 1JL8 Complex of alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with beta-cyclodextrin based on a co-crystallization with methyl beta-cyclodextrin 提交 2001-07-16 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；MES, methyl beta-cyclodextrin, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.255 |
| 1JL8 Complex of alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with beta-cyclodextrin based on a co-crystallization with methyl beta-cyclodextrin 提交 2001-07-16 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；MES, methyl beta-cyclodextrin, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.255 |
| 1VB9 Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) complexed with transglycosylated product 提交 2004-02-25 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.233 |
| 1VB9 Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) complexed with transglycosylated product 提交 2004-02-25 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.233 |
| 1VFM Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/alpha-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.248 |
| 1VFM Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/alpha-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.248 |
| 1VFO Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/beta-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.256 |
| 1VFO Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/beta-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.256 |
| 1VFU Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 amylase 2/gamma-cyclodextrin complex 提交 2004-04-19 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.284 |
| 1VFU Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 amylase 2/gamma-cyclodextrin complex 提交 2004-04-19 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N/D421N | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.284 |
| 1WZK Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt D465N 提交 2005-03-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D465N 突变：D465N | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 1WZL Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt R469L 提交 2005-03-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：R469L 突变：R469L | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 1WZM Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt R469K 提交 2005-03-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：R469K 突变：R469K | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.293 |
| 2D2O Structure of a complex of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2 with maltohexaose demonstrates the important role of aromatic residues at the reducing end of the substrate binding cleft 提交 2005-09-13 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
链 B
1–585（585 aa）
|
突变：D325N 突变：D325N | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.0 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 2.5mM calcium chloride, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.217 |
| 3A6O Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/acarbose complex 提交 2009-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–585（585 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.80 Å R-free 0.231 |
| 3A6O Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/acarbose complex 提交 2009-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–585（585 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.231 |