当前蛋白身份：Q0ED31
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3NGB Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120 提交 2010-06-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 BGC beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.256 |
| 3NGB Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120 提交 2010-06-11 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 A
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 A
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 7 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.256 |
| 3NGB Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120 提交 2010-06-11 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 D
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 D
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.256 |
| 3NGB Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC01 in complex with HIV-1 gp120 提交 2010-06-11 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 I
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 I
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 BGC beta-D-glucopyranose × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 9% Isopropanol, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.256 |
| 3U7Y Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV 提交 2011-10-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：gp120 core (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486)
链 G
201–303（103 aa）
片段：gp120 core (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486)
链 G
325–486（162 aa）
片段：gp120 core (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486)
|
突变：V65C, S115C 突变：V65C, S115C 突变：V65C, S115C | FLC CITRATE ANION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.256 |
| 4DKU Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-09027 提交 2012-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：Chimera residue 44-492
链 A
201–303（103 aa）
片段：Chimera residue 44-492
链 A
325–486（162 aa）
片段：Chimera residue 44-492
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 0KU N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.249 |
| 4DKU Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-09027 提交 2012-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
43–122（80 aa）
片段：Chimera residue 44-492
链 B
201–303（103 aa）
片段：Chimera residue 44-492
链 B
325–486（162 aa）
片段：Chimera residue 44-492
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 0KU N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.249 |
| 4DKV Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-10007 提交 2012-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：Chimera residues 44-492
链 A
201–303（103 aa）
片段：Chimera residues 44-492
链 A
325–486（162 aa）
片段：Chimera residues 44-492
|
突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser 突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser 突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 0KW N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.235 |
| 4DKV Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-10007 提交 2012-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
43–122（80 aa）
片段：Chimera residues 44-492
链 B
201–303（103 aa）
片段：Chimera residues 44-492
链 B
325–486（162 aa）
片段：Chimera residues 44-492
|
突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser 突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser 突变：V1V2 and V3 deletion, His 375 to Ser | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 0KW N-(4-chlorophenyl)-N'-{(S)-[5-(2-hydroxyethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2S)-piperidin-2-yl]methyl}ethanediamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.235 |
| 4OLU Crystal structure of antibody VRC07 in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；12% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.248 |
| 4OLV Crystal structure of antibody VRC07-G54F in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；12% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.253 |
| 4OLW Crystal structure of antibody VRC07-G54H in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.257 |
| 4OLX Crystal structure of antibody VRC07-G54L in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；12% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 4OLY Crystal structure of antibody VRC07-G54R in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；12% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.244 |
| 4OLZ Crystal structure of antibody VRC07-G54W in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.254 |
| 4OM0 Crystal structure of antibody VRC07-G54Y in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.247 |
| 4OM1 Crystal structure of antibody VRC07-I30Q, G54W, S58N in complex with clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 提交 2014-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Tris 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.226 |
| 4P9H Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 and soluble CD4 D1D2 提交 2014-04-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：GP120 CORE, (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486)
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 BEN BENZAMIDINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 3350, HEPES, benzamidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.272 |
| 4RZ8 Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist 提交 2014-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 A
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 A
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 3ZM 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 4RZ8 Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist 提交 2014-12-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 B
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 B
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 3ZM 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 4RZ8 Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist 提交 2014-12-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 C
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 C
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 3ZM 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 4RZ8 Crystal structure of HIV-1 gp120 core in complex with NBD-11021, a small molecule CD4-antagonist 提交 2014-12-18 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 D
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 D
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S 突变：V1V2 and V3 deletion, H375S | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 3ZM 5-(4-chlorophenyl)-N-{(S)-[5-(hydroxymethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl][(2R)-piperidin-2-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 4XNZ Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC06B in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120 提交 2015-01-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；7% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.301 |
| 4XNZ Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC06B in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120 提交 2015-01-16 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 A
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 A
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；7% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.301 |
| 4XNZ Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC06B in complex with HIV-1 clade A/E strain 93TH057 gp120 提交 2015-01-16 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 D
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 D
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；7% PEG 3350, 2.5% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.301 |
| 4YDJ Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 44-VRC13.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120 提交 2015-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 8000, 15% isopropanol, 0.1M imidazole, pH 6.5
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.249 |
| 4YDJ Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody 44-VRC13.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120 提交 2015-02-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 I
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 I
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 8000, 15% isopropanol, 0.1M imidazole, pH 6.5
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.249 |
| 4YDK Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody C38-VRC16.01 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057 gp120 提交 2015-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486,UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 GOL GLYCEROL × 13 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；7.5% PEG 8000, 0.1M CHES, pH 9.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.206 |
| 4YDL Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody C38-VRC18.02 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057gp120 提交 2015-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9.0% PEG 4000, 4.5% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.207 |
| 4YDL Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody C38-VRC18.02 in complex with HIV-1 clade AE strain 93TH057gp120 提交 2015-02-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
43–122（80 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 A
201–303（103 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
链 A
325–486（162 aa）
片段：UNP residues 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；9.0% PEG 4000, 4.5% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.207 |
| 4YFL Crystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody 1B2530 in complex with HIV-1 clade A/E 93TH057 gp120 提交 2015-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 G
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8% w/v PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 m sodium cacodylate, pH 6.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.326 |
| 4YFL Crystal structure of VH1-46 germline-derived CD4-binding site-directed antibody 1B2530 in complex with HIV-1 clade A/E 93TH057 gp120 提交 2015-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
43–122（80 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 E
201–303（103 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
链 E
325–486（162 aa）
片段：UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486,UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8% w/v PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 m sodium cacodylate, pH 6.5
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.326 |