当前蛋白身份：Q0P6L9
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6N57 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation I 提交 2018-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 4 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6N58 Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound with TraR in conformation II 提交 2018-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.78 Å |
| 6N60 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Microcin J25 (MccJ25) 提交 2018-11-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.7, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol
|
分辨率 3.68 Å R-free 0.306 |
| 6N61 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Capistruin 提交 2018-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.316 |
| 6N62 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA 提交 2018-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.334 |
| 6OUL Cryo-EM structure of Escherichia coli RNAP polymerase bound to rpsTP2 promoter DNA 提交 2019-05-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6P1K Cryo-EM structure of Escherichia coli sigma70 bound RNAP polymerase holoenzyme 提交 2019-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 6PSQ Escherichia coli RNA polymerase closed complex (TRPc) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6PSR Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6PSS Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1.5a) with TraR and mutant rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6PST Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi1.5b) with TraR and mutant rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6PSU Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPi2) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6PSV Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TpreRPo) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6PSW Escherichia coli RNA polymerase promoter unwinding intermediate (TRPo) with TraR and rpsT P2 promoter 提交 2019-07-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6VJS Escherichia coli RNA polymerase and ureidothiophene-2-carboxylic acid complex 提交 2020-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 X
1–613（613 aa）
|
未记录 | QZY 3-{[benzyl(ethyl)carbamoyl]amino}-5-(4-phenoxyphenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；0.1M Hepes-NaOH (pH 8), 0.2M CaAcetate, 15% PEG400
|
分辨率 4.02 Å R-free 0.276 |
| 6VJS Escherichia coli RNA polymerase and ureidothiophene-2-carboxylic acid complex 提交 2020-01-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；300 K；0.1M Hepes-NaOH (pH 8), 0.2M CaAcetate, 15% PEG400
|
分辨率 4.02 Å R-free 0.276 |
| 6WMU E. coli RNAPs70-SspA-gadA DNA complex 提交 2020-04-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7BEG Structures of class I bacterial transcription complexes 提交 2020-12-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris pH 8, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7C97 Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) with SspA 提交 2020-06-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.68 Å |
| 7CHW Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) 提交 2020-07-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
|
分辨率 3.58 Å |
| 7MKD Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR promoter DNA (class 1) 提交 2021-04-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7MKE Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR promoter DNA (class 2) 提交 2021-04-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7MKI Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to lambda PR (-5G to C) promoter DNA 提交 2021-04-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7MKJ Cryo-EM structure of Escherichia coli RNA polymerase bound to T7A1 promoter DNA 提交 2021-04-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7N4E Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex 提交 2021-06-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
突变：R541C, L607P | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7UBM Transcription antitermination complex: "pre-engaged" Qlambda-loading complex 提交 2022-03-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.13 Å |
| 7UBN Transcription antitermination complex: NusA-containing "engaged" Qlambda-loading complex 提交 2022-03-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8FTD Structure of Escherichia coli CedA in complex with transcription initiation complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 8JO2 Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA 提交 2023-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 8TO1 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1a) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
|
分辨率 2.80 Å |
| 8TO6 Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1d) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8TOE Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing.
|
分辨率 2.90 Å |
| 8TOM Escherichia coli RNA polymerase closed complex intermediate at the lambda PR promoter 提交 2023-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–613（613 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final.
|
分辨率 3.10 Å |
| 8Y6U Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with transcription factor GcvA 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–613（613 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |