当前蛋白身份：Q0TR53
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2J62 Structure of a bacterial O-glcnacase in complex with glcnacstatin 提交 2006-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
链 B
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 GSZ N-[(5R,6R,7R,8S)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-(2-PHENYLETHYL)-1,5,6,7,8,8A-HEXAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-8-YL]-2-METHYLPROPANAMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.26 Å R-free 0.219 |
| 2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
768–909（142 aa）
片段：RESIDUES 768-909
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.295 |
| 2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
768–909（142 aa）
片段：RESIDUES 768-909
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.295 |
| 2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
768–909（142 aa）
片段：RESIDUES 768-909
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.295 |
| 2O4E The solution structure of a protein-protein interaction module from a family 84 glycoside hydrolase of Clostridium perfringens 提交 2006-12-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
768–909（142 aa）
片段：Putative protein-protein interaction module
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；压力 1
NMR样品组成
1mM U-15N,13C x82, 25mM hepes, 50mM nacl, 5mM cacl2, pH 7.0
|
分辨率未提供 |
| 2OZN The Cohesin-Dockerin Complex of NagJ and NagH from Clostridium perfringens 提交 2007-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
768–909（142 aa）
片段：Cohesin module (residues 768-909)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；21% (w/v) polyethylene glycol 2000, 0.2M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.246 |
| 2V5C Family 84 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens, 2.1 Angstrom structure 提交 2008-10-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：CATALYTIC MODULE, RESIDUES 31-624
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 2V5C Family 84 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens, 2.1 Angstrom structure 提交 2008-10-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
31–624（594 aa）
片段：CATALYTIC MODULE, RESIDUES 31-624
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 2V5D Structure of a Family 84 Glycoside Hydrolase and a Family 32 Carbohydrate-Binding Module in Tandem from Clostridium perfringens. 提交 2008-10-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
31–767（737 aa）
片段：RESIDUES 31-767
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å R-free 0.370 |
| 2VUR Chemical dissection of the link between Streptozotocin, O-GlcNAc and pancreatic cell death 提交 2008-05-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624
|
未记录 | YX1 2-deoxy-2-{[(2-hydroxy-1-methylhydrazino)carbonyl]amino}-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 2VUR Chemical dissection of the link between Streptozotocin, O-GlcNAc and pancreatic cell death 提交 2008-05-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
31–624（594 aa）
片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624
|
未记录 | YX1 2-deoxy-2-{[(2-hydroxy-1-methylhydrazino)carbonyl]amino}-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 2WB5 GlcNAcstatins are nanomolar inhibitors of human O-GlcNAcase inducing cellular hyper-O-GlcNAcylation 提交 2009-02-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 VGB (5R,6R,7R,8S)-6,7-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-(2-phenylethyl)-8-(propanoylamino)-5,6,7,8-tetrahydro-1H-imidazo[1,2-a]pyridin-4-ium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM COCADYLATE, pH 6.5
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.237 |
| 2WB5 GlcNAcstatins are nanomolar inhibitors of human O-GlcNAcase inducing cellular hyper-O-GlcNAcylation 提交 2009-02-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
31–624（594 aa）
片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 VGB (5R,6R,7R,8S)-6,7-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-(2-phenylethyl)-8-(propanoylamino)-5,6,7,8-tetrahydro-1H-imidazo[1,2-a]pyridin-4-ium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM COCADYLATE, pH 6.5
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.237 |
| 2X0Y Screening-based discovery of drug-like O-GlcNAcase inhibitor scaffolds 提交 2009-12-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
链 B
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
|
未记录 | X0T 7-[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]-1,3-DIMETHYL-3,7-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 30 % PEG 8000 AND GAMMA-BUTYROLACTONE
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.246 |
| 2XPK Cell-penetrant, nanomolar O-GlcNAcase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases 提交 2010-08-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
链 B
31–624（594 aa）
片段：RESIDUES 31-624
|
突变：YES 突变：YES | Z0M N-[(5R,6R,7R,8S)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-(2-PHENYLETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-8-YL]-3-SULFANYLPROPANAMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å R-free 0.242 |
| 2YDQ CpOGA D298N in complex with hOGA-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–618（588 aa）
片段：RESIDUES 31-618
|
突变：YES | CD CADMIUM ION × 19 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.6M NAAC, 0.175M CDSO4, 0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.231 |
| 2YDR CpOGA D298N in complex with p53-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–618（588 aa）
片段：RESIDUES 31-618
|
突变：YES | CD CADMIUM ION × 18 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；0.6 M NAAC, 0.175 M CDSO4, 0.1 M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.219 |
| 2YDS CpOGA D298N in complex with TAB1-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–618（588 aa）
片段：RESIDUES 31-618
|
突变：YES | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；pH 8.5
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.238 |
| 4ZXL CpOGA D298N in complex with Drosophila HCF -derived Thr-O-GlcNAc peptide 提交 2015-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
39–617（579 aa）
片段：UNP residues 39-617
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；CpOGA D298N was concentrated to 35 mg/ml in 25 mM Tris/HCl (pH 8.0) and crystallized from 0.175 M CdSO4 and 0.6 M sodium acetate pH 7.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.220 |
| 5OXD Complex of a C. perfringens O-GlcNAcase with a fragment hit 提交 2017-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
31–618（588 aa）
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未记录 | CD CADMIUM ION × 22 B2W 5-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-1,4-diazepine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Apo crystals were grown in 0.6 M NaAcetate pH 7.5, 0.175 M cadmium sulphate (ML).
Crystals were then transferred into a drop supplemented with 10 mM ligand and incubated for 4 h. Crystals were cryo-protected by short immersion in ML supplemented with 20% glycerol and saturated with ligand.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.221 |
| 6RHE CpOGA D298N in complex with hOGA-derived S-GlcNAc peptide 提交 2019-04-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–619（589 aa）
|
突变：D298N | CD CADMIUM ION × 25 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1:1 drops of proytein mixed with crystallisation buffer: 0.175 M CdSO4 and 0.6 M NaAc
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.233 |
| 7KHV CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54 提交 2020-10-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
31–624（594 aa）
链 B
31–624（594 aa）
|
突变：D298N, V331C, N388D 突变：D298N, V331C, N388D | X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7KHV CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54 提交 2020-10-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
31–624（594 aa）
链 D
31–624（594 aa）
|
突变：D298N, V331C, N388D 突变：D298N, V331C, N388D | X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 15 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |
| 7KHV CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54 提交 2020-10-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
31–624（594 aa）
链 F
31–624（594 aa）
|
突变：D298N, V331C, N388D 突变：D298N, V331C, N388D | X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.247 |