当前蛋白身份：Q13131
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4RED Crystal structure of human AMPK alpha1 KD-AID with K43A mutation 提交 2014-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
链 B
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
|
突变：K43A 突变：K43A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.5 M HNa2PO4/0.5 M HK2PO4, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 0.1 M H(NH4)2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.277 |
| 4RED Crystal structure of human AMPK alpha1 KD-AID with K43A mutation 提交 2014-09-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
链 B
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
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突变：K43A 突变：K43A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.5 M HNa2PO4/0.5 M HK2PO4, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 0.1 M H(NH4)2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.277 |
| 4RED Crystal structure of human AMPK alpha1 KD-AID with K43A mutation 提交 2014-09-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
链 B
22–362（341 aa）
片段：human AMPK KD-AID, UNP residues 22-362
|
突变：K43A 突变：K43A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.5 M HNa2PO4/0.5 M HK2PO4, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 0.1 M H(NH4)2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.277 |
| 4RER Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin 提交 2014-09-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
20–559（540 aa）
片段：Human AMPK alpha1 subunit [G11-Q550]
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突变：E471G, E474A, K476A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | STU STAUROSPORINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；12% PEG 4000,0.1 M HEPES, pH7.8, 10% 2-propanol (v/v) and 0.19 mM 7-cyclohexyl-1-heptyl-D-maltoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.05 Å R-free 0.260 |
| 4REW Crystal structure of the non-phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex 提交 2014-09-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
20–559（540 aa）
片段：Human AMPK alpha1 subunit [G11-Q550]
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突变：E471G, E474A, K476A | STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.8；293 K；0.1 M N-acetamido-iminodiacetic acid, pH 6.8, 9% 2-methyl-2,4-pentanediol, and 11.5 mM C-HEGA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 4.58 Å R-free 0.259 |
| 5EZV X-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/alpha-1 RIM chimaera (alpha-2(1-347)/alpha-1(349-401)/alpha-2(397-end) beta-1 gamma-1) co-crystallized with C2 (5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid) 提交 2015-11-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
359–401（43 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | STU STAUROSPORINE × 1 C1V 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 C2Z 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；8 % PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 1.0 % glucose, 0.001 % cocamidopropyl betaine, 0.1 M imidazole
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.245 |
| 5EZV X-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/alpha-1 RIM chimaera (alpha-2(1-347)/alpha-1(349-401)/alpha-2(397-end) beta-1 gamma-1) co-crystallized with C2 (5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid) 提交 2015-11-26 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
359–401（43 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | STU STAUROSPORINE × 1 C1V 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 C2Z 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；8 % PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 1.0 % glucose, 0.001 % cocamidopropyl betaine, 0.1 M imidazole
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.245 |
| 6C9F AMP-activated protein kinase bound to pharmacological activator R734 提交 2018-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
链 A
535–559（25 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | R34 5-{[6-chloro-5-(1-methyl-1H-indol-5-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]oxy}-N-hydroxy-2-methylbenzamide × 1 STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M tri-sodium acetate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 15% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.245 |
| 6C9G AMP-activated protein kinase bound to pharmacological activator R739 提交 2018-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
链 A
535–559（25 aa）
|
突变：S108D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S108D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | R93 5-{[6-chloro-5-(2'-hydroxy[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]oxy}-N-hydroxy-2-methylbenzamide × 1 STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M tri-sodium acetate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 15% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.240 |
| 6C9H non-phosphorylated AMP-activated protein kinase bound to pharmacological activator R734 提交 2018-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
链 A
535–559（25 aa）
|
突变：S108D 突变：S108D | R34 5-{[6-chloro-5-(1-methyl-1H-indol-5-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]oxy}-N-hydroxy-2-methylbenzamide × 1 STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M magnesium formate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.242 |
| 6C9J AMP-activated protein kinase bound to pharmacological activator R734 提交 2018-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
链 A
535–559（25 aa）
|
突变：S108D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S108D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | R34 5-{[6-chloro-5-(1-methyl-1H-indol-5-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]oxy}-N-hydroxy-2-methylbenzamide × 1 STU STAUROSPORINE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M tri-ammonium citrate pH7, 12% w/v PEG 3350
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.225 |
| 7JHG Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Dorsomorphin (Compound C) and Fab-nanobody 提交 2020-07-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
片段：UNP residues 22-480,535-559
链 A
535–559（25 aa）
片段：UNP residues 22-480,535-559
|
未记录 | TAK 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7JHH Cryo-EM structure of ATP-bound fully inactive AMPK in complex with Fab and nanobody 提交 2020-07-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
22–480（459 aa）
片段：UNP residues 22-480,535-559
链 A
535–559（25 aa）
片段：UNP residues 22-480,535-559
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 7JIJ ATP-bound AMP-activated protein kinase 提交 2020-07-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
22–559（538 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M tri-lithium citrate,10% w/v PEG3350, pH7.5,0.01 M barium chloride
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.323 |