当前蛋白身份：Q13164
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2Q8Y Structural insight into the enzymatic mechanism of the phophothreonine lyase 提交 2007-06-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
214–222（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；12% PEG3350,0.1M MES pH6.0,0.1 M NaKTartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.217 |
| 4B99 Crystal Structure of MAPK7 (ERK5) with inhibitor 提交 2012-09-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–397（397 aa）
片段：KINASE DOMAIN
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未记录 | R4L 11-cyclopentyl-2-[[2-methoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；0.05M CACL2, 0.1M MES PH 6.0, 20% PEG 6000, 10% ETHYLENE GLYCOL
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.287 |
| 4IC7 Crystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MKK5 binding fragment 提交 2012-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–431（431 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；48% PEG 200, 100mM MIB, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 4IC7 Crystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MKK5 binding fragment 提交 2012-12-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–431（431 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；48% PEG 200, 100mM MIB, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 4IC8 Crystal structure of the apo ERK5 kinase domain 提交 2012-12-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–431（431 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；296 K；30% PEG 200, 100mM MIB, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.290 |
| 4IC8 Crystal structure of the apo ERK5 kinase domain 提交 2012-12-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–431（431 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；296 K；30% PEG 200, 100mM MIB, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.290 |
| 4ZSG MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
47–393（347 aa）
片段：residues 47-393
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 5 4QX 3-amino-5-[(4-chlorophenyl)amino]-N-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.235 |
| 4ZSJ MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
50–393（344 aa）
片段：UNP residues 50-393
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未记录 | GOL GLYCEROL × 4 4R0 3-amino-5-[(4-chloro-3-methylphenyl)amino]-N-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.230 |
| 4ZSL MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
53–393（341 aa）
片段：UNP residues 53-393
|
未记录 | 4QZ 3-amino-5-[(4-chlorophenyl)amino]-N-[(1S)-1-phenylethyl]-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；297 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.219 |
| 5BYY ERK5 IN COMPLEX WITH SMALL MOLECULE 提交 2015-06-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–394（346 aa）
片段：KINASE DOMAIN, unp residues 49-394
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未记录 | 4WG 2-{[2-ethoxy-4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl]amino}-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.01 M Tris 8.50
0.01 M MgCl2
13 % PEG4000
0.18 M Na-formiate
0.10 M MES, pH=6.50
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.273 |
| 5BYZ ERK5 in complex with small molecule 提交 2015-06-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
48–395（348 aa）
片段：KINASE DOMAIN, unp residues 48-395
|
未记录 | 4WE 4-({5-fluoro-4-[2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-N-[2-(piperidin-1-yl)ethyl]benzamide × 1 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11 % PEG4000
0.01 M MgCl2
0.18 M Na-Formiate
0.10 M MES, pH=6.50
0.01 M Tris/Cl, pH=8.50
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.192 |
| 5O7I ERK5 in complex with a pyrrole inhibitor 提交 2017-06-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
46–402（357 aa）
片段：UNP residues 46-402
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未记录 | 9N8 4-(2-bromanyl-6-fluoranyl-phenyl)carbonyl-~{N}-pyridin-3-yl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；5 % (v/v) PEG 6000, 0.1 M MES (pH 6.0), 5 mM DTT
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分辨率 2.38 Å R-free 0.220 |
| 6HKM Crystal structure of Compound 1 with ERK5 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
49–395（347 aa）
片段：KINASE DOMAIN
|
未记录 | G92 [4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperidin-1-yl]-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11% PEG 4000, 100mM MgCl2, 160mM sodium formate, 100mM MES pH 6.75, 10mM Tris pH 8.5
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.280 |
| 6HKN Crystal structure of Compound 35 with ERK5 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
54–393（340 aa）
片段：KINASE DOMAIN
|
未记录 | G9E [2-azanyl-4-(trifluoromethyloxy)phenyl]-[4-(7-methoxyquinazolin-4-yl)piperidin-1-yl]methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG 4000, 100mM MgCl2, 180mM Sodium formate, 100 mM MES pH 6.5, 10mM Tris pH 8.0
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.249 |
| 7PUS ERK5 in complex with Pyrrole Carboxamide scaffold 提交 2021-09-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
46–402（357 aa）
片段：UNP residues 46-402
|
未记录 | 86E 4-[3,6-bis(chloranyl)-2-fluoranyl-phenyl]carbonyl-~{N}-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5 % (V/V) PEG 6000, 0.1 M MES (PH 6.0), 5 MM DTT
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.285 |
| 9LTA Crystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5) 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
48–393（346 aa）
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未记录 | A1EKR 4-[5-chloranyl-2-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]-~{N}-morpholin-4-yl-thiophene-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4K, 7% isopropanol
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分辨率 2.33 Å R-free 0.292 |
| 9LTA Crystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5) 提交 2025-02-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
48–393（346 aa）
|
未记录 | A1EKR 4-[5-chloranyl-2-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]-~{N}-morpholin-4-yl-thiophene-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4K, 7% isopropanol
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.292 |