当前蛋白身份：Q13370
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1SO2 CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B In COMPLEX WITH A DIHYDROPYRIDAZINE INHIBITOR 提交 2004-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 B
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 HG9 1-DEOXY-1-[(2-HYDROXYETHYL)(NONANOYL)AMINO]HEXITOL × 4 666 6-(4-{[2-(3-IODOBENZYL)-3-OXOCYCLOHEX-1-EN-1-YL]AMINO}PHENYL)-5-METHYL-4,5-DIHYDROPYRIDAZIN-3(2H)-ONE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MMe, MES, MAgnesium Sulfate, HEGA-9, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.277 |
| 1SO2 CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B In COMPLEX WITH A DIHYDROPYRIDAZINE INHIBITOR 提交 2004-03-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 D
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 666 6-(4-{[2-(3-IODOBENZYL)-3-OXOCYCLOHEX-1-EN-1-YL]AMINO}PHENYL)-5-METHYL-4,5-DIHYDROPYRIDAZIN-3(2H)-ONE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MMe, MES, MAgnesium Sulfate, HEGA-9, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.277 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 B
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 D
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 F
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 H
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 J
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1SOJ CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 3B IN COMPLEX WITH IBMX 提交 2004-03-15 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
链 L
654–1073（420 aa）
片段：catalytic domain, residues 654-1073
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IBM 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Peg MME, MES, MAgnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 8SYC Crystal structure of PDE3B in complex with GSK4394835A 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
654–1074（421 aa）
链 D
654–1074（421 aa）
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突变：K691D, R783D, A831E, K880E, S981D 突变：K691D, R783D, A831E, K880E, S981D | MG MAGNESIUM ION × 4 X5W [3-[(4,7-dimethoxyquinolin-2-yl)carbonylamino]-5-[methyl-(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]-oxidanyl-oxidanylidene-boron × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NaCl, 25%PEG3350,0.1 M bis-Tris pH6.5, cryo: 25% ethylene glycol
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分辨率 2.70 Å R-free 0.224 |
| 9YUD Re-Refined Human Phosphodiesterase 3B complexed with GSK4394835A 提交 2025-10-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
654–1074（421 aa）
链 B
654–1074（421 aa）
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未记录 | X5W [3-[(4,7-dimethoxyquinolin-2-yl)carbonylamino]-5-[methyl-(phenylmethyl)carbamoyl]phenyl]-oxidanyl-oxidanylidene-boron × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NaCl, 25%PEG3350,0.1 M bis-Tris pH 6.5, cryo: 25% ethylene glycol
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分辨率 2.70 Å R-free 0.238 |