当前蛋白身份：Q13635
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6DMB Cryo-EM structure of human Ptch1 提交 2018-06-04 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6DMO Cryo-EM structure of human Ptch1 with three mutations L282Q/T500F/P504L 提交 2018-06-05 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
|
突变：L282Q, T500F, P504L | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6DMY Cryo-EM structure of human Ptch1 and ShhN complex 提交 2018-06-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6E1H Structure of 2:1 human Ptch1-Shh-N complex 提交 2018-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1447（1447 aa）
链 B
1–1447（1447 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
|
分辨率 3.50 Å |
| 6N7G Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form I) 提交 2018-11-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
链 B
1–1305（1305 aa）
链 D
1–1305（1305 aa）
链 E
1–1305（1305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6N7H Cryo-EM structure of the 2:1 hPtch1-Shhp complex 提交 2018-11-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
链 B
1–1305（1305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CLR CHOLESTEROL × 5 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6N7K Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form II) 提交 2018-11-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1305（1305 aa）
链 B
1–1305（1305 aa）
链 D
1–1305（1305 aa）
链 E
1–1305（1305 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 6OEU Structure of human Patched1 提交 2019-03-27 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1447（1447 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OEV Structure of human Patched1 in complex with native Sonic Hedgehog 提交 2019-03-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1447（1447 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
|
分辨率 3.80 Å |
| 6RMG Structure of PTCH1 bound to a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II 提交 2019-05-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1189（1189 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 11 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6RTW Crystal structure of the Patched-1 (PTCH1) ectodomain in complex with nanobody NB64 and cholesterol-hemisuccinate 提交 2019-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
136–423（288 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5,
0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide),
12.5% (v/v) MPD,
12.5% (w/v) PEG 1000,
12.5% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.230 |
| 6RTX Crystal structure of the Patched-1 (PTCH1) ectodomain 1 提交 2019-05-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
139–428（290 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5,
0.03M of each ethylene glycol (diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol and pentaethyleneglycol),
12.5% (v/v) MPD,
12.5% (w/v) PEG 1000,
12.5% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 6RTY Crystal structure of the Patched ectodomain in complex with nanobody NB64 提交 2019-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
136–423（288 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES/imidazole pH 6.5,
0.02M of each amino acid (L-glutamate, alanine, glycine, lysine, serine),
12.5% (v/v) MPD,
12.5% (w/v) PEG 1000,
12.5% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
772–1023（252 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate,
20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
772–1023（252 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate,
20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
772–1023（252 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate,
20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 6RVD Revised cryo-EM structure of the human 2:1 Ptch1-Shh complex 提交 2019-05-31 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1447（1447 aa）
链 B
1–1447（1447 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5,
150 mM NaCl,
0.06% Digitonin,
1mM CaCl2.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9MS8 PTCH1 in complex with Fab6H3 提交 2025-01-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–618（618 aa）
链 A
721–1188（468 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.73 Å |