当前蛋白身份：Q14565
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1V5W Crystal structure of the human Dmc1 protein 提交 2003-11-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG2000MME, Magnesium chloride, Sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.346 |
| 1V5W Crystal structure of the human Dmc1 protein 提交 2003-11-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG2000MME, Magnesium chloride, Sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.346 |
| 2ZJB Crystal structure of the human Dmc1-M200V polymorphic variant 提交 2008-03-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；0.1M sodium citrate, 50mM MgCl2, 8% PEG 2000 MME, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.351 |
| 4HYY Filament of octameric rings of DMC1 recombinase from Homo sapiens 提交 2012-11-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
链 B
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；6% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M HEPES-NACl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.246 |
| 4HYY Filament of octameric rings of DMC1 recombinase from Homo sapiens 提交 2012-11-14 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
链 D
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；6% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M HEPES-NACl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.246 |
| 4HYY Filament of octameric rings of DMC1 recombinase from Homo sapiens 提交 2012-11-14 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
链 B
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
链 C
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
链 D
84–340（257 aa）
片段：ATPase domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；6% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.05 M MgCl2, 0.05 M HEPES-NACl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.246 |
| 6R3P Crystal structure of human DMC1 ATPase domain 提交 2019-03-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
83–340（258 aa）
链 B
83–340（258 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.2, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 7.5 % PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 6R3P Crystal structure of human DMC1 ATPase domain 提交 2019-03-20 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
83–340（258 aa）
链 D
83–340（258 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.2, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 7.5 % PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.219 |
| 7C98 Human DMC1 post-synaptic complexes 提交 2020-06-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
链 C
1–340（340 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.47 Å |
| 7C99 Human DMC1 post-synaptic complexes with mismatched dsDNA 提交 2020-06-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
链 C
1–340（340 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.36 Å |
| 7C9C Human DMC1 pre-synaptic complexes 提交 2020-06-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
链 C
1–340（340 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.33 Å |
| 7CGY Human DMC1 Q244M mutant of the post-synaptic complexes 提交 2020-07-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–340（340 aa）
链 B
1–340（340 aa）
链 C
1–340（340 aa）
|
突变：Q244M 突变：Q244M 突变：Q244M | CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.20 Å |
| 8QQE Crystal structure of the complex between DMC1 and the PhePP domain of BRCA2 提交 2023-10-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
2–340（339 aa）
链 B
2–340（339 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1M MES at pH 6, 2.4 M sodium formate
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分辨率 3.46 Å R-free 0.261 |
| 8R2G Crystal structure of a BRCA2-DMC1 complex 提交 2023-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
83–340（258 aa）
链 B
83–340（258 aa）
链 C
83–340（258 aa）
链 D
83–340（258 aa）
链 E
83–340（258 aa）
链 F
83–340（258 aa）
链 G
83–340（258 aa）
链 H
83–340（258 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.4, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 8 % PEG 3350, 20 % glycerol
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分辨率 3.45 Å R-free 0.306 |