当前蛋白身份：Q29ST3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2WWX Crystal structure of the SidM/DrrA(GEF/GDF domain)-Rab1(GTPase domain) complex 提交 2009-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
317–533（217 aa）
片段：RESIDUES 317-533
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å R-free 0.231 |
| 3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
193–550（358 aa）
片段：GEF/GDF domain, residues 193-550
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.266 |
| 3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
193–550（358 aa）
片段：GEF/GDF domain, residues 193-550
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.266 |
| 3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
317–647（331 aa）
片段：Rab1-activation domain, P4M domain
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.241 |
| 3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
317–647（331 aa）
片段：Rab1-activation domain, P4M domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.241 |
| 3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
9–218（210 aa）
片段：N-terminal domain (residues 9-218)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
9–218（210 aa）
片段：N-terminal domain (residues 9-218)
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
340–533（194 aa）
|
突变：D512C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 6YX5 Structure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with human Rab8a 提交 2020-04-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
16–352（337 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 3 LJN [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine, pH 9, 2.4M ammonium sulphate
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分辨率 2.14 Å R-free 0.238 |