当前蛋白身份：Q47112
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1M08 Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 提交 2002-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
447–576（130 aa）
片段：Nuclease Domain
链 B
447–576（130 aa）
片段：Nuclease Domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.240 |
| 1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：nuclease domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
446–576（131 aa）
片段：nuclease domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 1PT3 Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA 提交 2003-06-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
449–576（128 aa）
片段：residues 449-576
链 B
449–576（128 aa）
片段：residues 449-576
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；298 K；2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.289 |
| 1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
446–573（128 aa）
片段：residues 446-573
|
突变：K528Q, T539R, H569A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 1ZNS Crystal structure of N-ColE7/12-bp DNA/Zn complex 提交 2005-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
444–576（133 aa）
片段：nuclease domain
|
突变：H545E | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25mM Tris-HCl, 0.1M Ammonium chloride, 10.5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.287 |
| 1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
444–576（133 aa）
片段：Nuclease domain
|
突变：H545E | NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
444–576（133 aa）
片段：Nuclease domain
|
突变：H545E | NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.235 |
| 2AXC Crystal structure of ColE7 translocation domain 提交 2005-09-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–316（257 aa）
片段：N-terminal Translocation domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.208 |
| 2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
447–573（127 aa）
|
突变：N516T, N517Q, K525R, K528Q, T539Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 2IVH Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA 提交 2006-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
449–576（128 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576
链 D
446–576（131 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576
|
突变：YES 突变：YES | ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.249 |
| 2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576
|
突变：YES | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.250 |
| 2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576
链 D
446–576（131 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576
|
突变：YES 突变：YES | ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
445–576（132 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN
|
突变：D493Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
445–576（132 aa）
片段：NUCLEASE DOMAIN
|
突变：D493Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：UNP residues 446-576
|
突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.276 |
| 3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
446–576（131 aa）
片段：UNP residues 446-576
|
突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.276 |
| 3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
446–576（131 aa）
片段：UNP residues 446-576
|
突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.277 |
| 3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
446–576（131 aa）
片段：UNP residues 446-576
|
突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.277 |
| 3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
450–573（124 aa）
片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
450–573（124 aa）
片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–206（206 aa）
片段：ENDONUCLEASE DOMAIN
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH
6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.270 |