当前蛋白身份：Q51817
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4ITC Crystal Structure Analysis of the K1 Cleaved Adhesin domain of Lys-gingipain (Kgp) from Porphyromonas gingivalis W83 提交 2013-01-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
982–1154（173 aa）
片段：K1 Cleaved Adhesin Domain, residues 982-1154
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 GAI GUANIDINE × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；40 mM KH2PO4, 20% (v/v) glycerol, 16% (w/v) PEG 8000, 1 M guanidine hydrochloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.55 Å R-free 0.181 |
| 4RBM Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) catalytic and immunoglobulin superfamily-like domains 提交 2014-09-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
229–683（455 aa）
片段：UNP residues 229-683
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 HIS HISTIDINE × 1 ACT ACETATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 CKC (3S)-3,7-diaminoheptan-2-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；The best crystals were obtained at 20C with protein solution (at 5.7mg/mL in 5mM Tris HCl, pH 7.4, 0.02% sodium azide) and 22% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M calcium acetate as reservoir solution from 2:1 uL drops, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 1.75 Å R-free 0.172 |
| 4TKX Structure of Protease 提交 2014-05-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
229–680（452 aa）
片段：Catalytic domain
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PB LEAD (II) ION × 1 TCK N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；PEG 4000, Sodium Acetate, Ammonium Sulphate
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分辨率 1.60 Å R-free 0.145 |
| 5MUN Structural insight into zymogenic latency of gingipain K from Porphyromonas gingivalis. 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
20–228（209 aa）
片段：UNP residues 20-228
链 B
20–228（209 aa）
片段：UNP residues 20-228
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未记录 | AZI AZIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293.15 K；14 % polyvinylpyrrolidone K15
0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
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分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 6I9A Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) in complex with inhibitor KYT-36 提交 2018-11-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
229–683（455 aa）
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未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 H8E benzyl-N-[(2S)-1-[[(3S)-7-amino-1-(benzylamino)-1,2-dioxoheptan-3-yl]amino]-5-(2-methyl-2-phenylhydrazinyl)-1,5-dioxopentan-2-yl]carbamate × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5
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分辨率 1.20 Å R-free 0.148 |
| 6I9A Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) in complex with inhibitor KYT-36 提交 2018-11-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
229–683（455 aa）
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未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 H8E benzyl-N-[(2S)-1-[[(3S)-7-amino-1-(benzylamino)-1,2-dioxoheptan-3-yl]amino]-5-(2-methyl-2-phenylhydrazinyl)-1,5-dioxopentan-2-yl]carbamate × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5
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分辨率 1.20 Å R-free 0.148 |