当前蛋白身份：Q5S007
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3D6T Structure of the ROC domain from the Parkinson's disease-associated leucine-rich repeat kinase 2 reveals a dimeric GTPase 提交 2008-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1336–1505（170 aa）
片段：Miro domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG 4000, 100mM MgCl2, 0.1M Tris, 5mM GTP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.307 |
| 3D6T Structure of the ROC domain from the Parkinson's disease-associated leucine-rich repeat kinase 2 reveals a dimeric GTPase 提交 2008-05-20 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1336–1505（170 aa）
片段：Miro domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG 4000, 100mM MgCl2, 0.1M Tris, 5mM GTP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.307 |
| 5MY9 Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with LRRK2 peptide pS935 提交 2017-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 P
929–941（13 aa）
片段：UNP Residues 929-941
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；HEPES, NaCl, DTT
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.201 |
| 5MYC Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with LRRK2 peptide pS910 提交 2017-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 P
904–941（38 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；HEPES, NaCl2, PEG400, Glycerol
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.189 |
| 6DLO Crystal structure of LRRK2 WD40 domain dimer 提交 2018-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2142–2527（386 aa）
片段：WD40 domain residues 2142-2527
链 B
2142–2527（386 aa）
片段：WD40 domain residues 2142-2527
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 16% polyethylene glycol (PEG) 6000, and 10% additive of 30% galactose
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 6DLP Crystal structure of LRRK2 WD40 domain dimer 提交 2018-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2142–2527（386 aa）
片段：WD40 domain residues 2142-2527
链 B
2142–2527（386 aa）
片段：WD40 domain residues 2142-2527
|
未记录 | PT PLATINUM (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 16% polyethylene glycol (PEG) 6000, and 10% additive of 30% galactose. The crystal was soaked in 1 mM trans-platinum (II) diammine dichloride for 1.5 hours
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.263 |
| 6OJE Dimeric structure of LRRK2 GTPase domain 提交 2019-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2
链 B
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100mM KSCN, 25% PEGMME 2000, 0.1M BisTris pH 6.5
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.196 |
| 6OJF Dimeric structure of LRRK2 GTPase domain 提交 2019-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2
链 B
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2
|
突变：K1460A, K1463A 突变：K1460A, K1463A | MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100mM KSCN, 25% PEGMME 2000, 0.1M BisTris pH 6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.158 |
| 6VNO Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1327–2527（1201 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6VP6 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1327–2527（1201 aa）
链 B
1327–2527（1201 aa）
链 C
1327–2527（1201 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 6VP7 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1327–2527（1201 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6VP8 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1330–2527（1198 aa）
链 B
1670–1950（281 aa）
链 C
2140–2498（359 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6XAF 1.9A crystal structure of the GTPase domain of Parkinson's disease-associated protein LRRK2 carrying R1398H 提交 2020-06-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain (UNP residues 1329-1520)
链 B
1329–1520（192 aa）
片段：GTPase domain (UNP residues 1329-1520)
|
突变：R1398H, K1460A, K1463A 突变：R1398H, K1460A, K1463A | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100 mM potassium thiocyanate, 25% PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.221 |
| 6XR4 Integrative in situ structure of Parkinsons disease-linked human LRRK2 提交 2020-07-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 B
1–2527（2527 aa）
|
突变：I2020T 突变：I2020T | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 14.00 Å |
| 7LHT Structure of the LRRK2 dimer 提交 2021-01-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 B
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7LHW Structure of the LRRK2 monomer 提交 2021-01-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7LI3 Structure of the LRRK2 G2019S mutant 提交 2021-01-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
突变：G2019S variant | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7LI4 Structure of LRRK2 after symmetry expansion 提交 2021-01-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7THY Structure of Leucine Rich Repeat Kinase 2's ROC domain interacting with the microtubule facing the minus end 提交 2022-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1332–1525（194 aa）
片段：ROC domain
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final dilution buffer. The incubation buffer consisted of 1x BRB80, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 10 uM taxol, and 5 uM MLi-2. Sample was diluted 3-fold right before freezing with the final buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.20 Å |
| 7THZ Structure of Leucine Rich Repeat Kinase 2's ROC domain interacting with the microtubule facing the plus end 提交 2022-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1332–1525（194 aa）
片段：ROC domain
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；This is the final dilution buffer. The incubation buffer consisted of 1x BRB80, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 10 uM taxol, and 5 uM MLi-2. Sample was diluted 3-fold right before freezing with the final buffer.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 8FO2 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 monomer state 提交 2022-12-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å |
| 8FO7 Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type I inhibitor LRRK2-IN-1 提交 2022-12-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1327–2527（1201 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 4K4 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 8FO8 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state 提交 2022-12-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–2527（2527 aa）
链 E
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 8FO9 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 tetramer state 提交 2022-12-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 C
1–2527（2527 aa）
链 E
1–2527（2527 aa）
链 F
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.48 Å |
| 8TXZ Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 提交 2023-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1334–2527（1194 aa）
|
未记录 | A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3
Blot time = 4 seconds
wait time = 20 seconds
|
分辨率 3.05 Å |
| 8TYQ Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (G2019S mutant) 提交 2023-08-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
突变：G2019S | T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 8TZB Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
突变：I2020T | T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TZC Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 (G2019S mutant) 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1333–2527（1195 aa）
|
未记录 | A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3
Blot time = 4 seconds
Wait time = 20 seconds
|
分辨率 2.70 Å |
| 8TZE Structure of C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8TZF Structure of full length LRRK2 bound to GZD-824 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
突变：I2020T | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8TZG Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1333–2522（1190 aa）
|
未记录 | A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3
Blot time = 4 seconds
Wait time = 20 seconds
|
分辨率 2.70 Å |
| 8TZH Structure of full-length LRRK2 bound to MLi-2 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3
Blot time = 4 seconds
Wait time = 20 seconds
|
分辨率 3.90 Å |
| 8U1B C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin 提交 2023-08-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1334–2527（1194 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8U7L Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor GZD824 提交 2023-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 B
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8U8A Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor ponatinib 提交 2023-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–2527（2527 aa）
链 C
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | 0LI 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8U8B Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor rebastinib 提交 2023-09-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 B
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VH4 Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 monomer state 提交 2023-12-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8VH5 Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state 提交 2023-12-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
链 C
1–2527（2527 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9C76 LRRK2 Roc domain RP (Ras-pocket) complexed to Divarasib 提交 2024-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1329–1516（188 aa）
片段：Roc domain
链 B
1329–1516（188 aa）
片段：Roc domain
|
突变：N1342A, T1343C, P1433H, W1434Y, N1437Q, K1460A, K1463A, C1465A (Uniprot numbering) 突变：N1342A, T1343C, P1433H, W1434Y, N1437Q, K1460A, K1463A, C1465A (Uniprot numbering) | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BR BROMIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 F FLUORIDE ION × 1 A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 2 IOD IODIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Morpheus Fusion C7:
30 mM Halides
0.12 M Monosaccharide 1
0.1 M Buffer System 1 pH 6.5
30% Precipitant mix 1
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 9CHO Autoinhibited full-length LRRK2(I2020T) on microtubules with MLi-2 提交 2024-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
543–2527（1985 aa）
片段：UNP residues 543-2527
|
突变：I2020T | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 9CI3 Structure of the LRRK2/14-3-3 complex 提交 2024-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2527（2527 aa）
|
突变：R50H variant 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 9DMI Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to RN277 (Type-II inhibitor) 提交 2024-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1333–2527（1195 aa）
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未记录 | A1A7Q N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-N'-{(3M)-3-[2-chloro-4-(morpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl]phenyl}urea × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 4s
Blot force 5
Waiting time 20s
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分辨率 3.35 Å |