当前蛋白身份：Q5ZTK4
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
756–905（150 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.269 |
| 5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
756–905（150 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.269 |
| 5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
756–905（150 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.269 |
| 5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
756–905（150 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.269 |
| 5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
756–905（150 aa）
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突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
756–905（150 aa）
|
突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
756–905（150 aa）
|
突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
756–905（150 aa）
|
突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 6G0C Crystal structure of SdeA catalytic core 提交 2018-03-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
213–907（695 aa）
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未记录 | 1PS 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；100mM Bis Tris Propane pH 7.0-8.0, 0.1-0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20-30% PEG 3350
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分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
| 6WTG SdeA DUB Domain in complex with Ubiquitin 提交 2020-05-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–193（193 aa）
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突变：C118A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1 M bicine pH 9.0, 65% (v/v) MPD
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分辨率 2.63 Å R-free 0.243 |
| 7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
231–1190（960 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.50 Å |
| 7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
231–1190（960 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.91 Å |
| 7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
231–1190（960 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.70 Å |
| 9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1158–1499（342 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200
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分辨率 1.98 Å R-free 0.250 |
| 9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1158–1499（342 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.250 |