当前蛋白身份：Q5ZTK6
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6K4K Crystal structure of SidJ-CaM binary complex at 2.71 A 提交 2019-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–873（873 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；299 K；20% PEG 3350, 0.2M NaI
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.243 |
| 6K4K Crystal structure of SidJ-CaM binary complex at 2.71 A 提交 2019-05-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–873（873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；299 K；20% PEG 3350, 0.2M NaI
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.243 |
| 6K4L Crystal structure of Se-labelled SidJ complex with CaM at 2.95 A 提交 2019-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–873（873 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI
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分辨率 2.95 Å R-free 0.269 |
| 6K4L Crystal structure of Se-labelled SidJ complex with CaM at 2.95 A 提交 2019-05-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–873（873 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.269 |
| 6K4R Crystal structure of SidJ-CaM-AMP ternary complex at 3.11 A 提交 2019-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–873（873 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M HEPES 7.5
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.279 |
| 6K4R Crystal structure of SidJ-CaM-AMP ternary complex at 3.11 A 提交 2019-05-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–873（873 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M HEPES 7.5
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.279 |
| 6OQQ Legionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin complex 提交 2019-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–873（873 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M sodium malonate, 0.01 M sodium chloride, 0.001 M magnesium chloride, 0.001 mM calcium chloride, 0.001 M AMP-CPP, 16-17% PEG 3350, 35-40% ethylene glycol
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分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 6OQQ Legionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin complex 提交 2019-04-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–873（873 aa）
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未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M sodium malonate, 0.01 M sodium chloride, 0.001 M magnesium chloride, 0.001 mM calcium chloride, 0.001 M AMP-CPP, 16-17% PEG 3350, 35-40% ethylene glycol
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
97–853（757 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.241 |
| 6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
97–853（757 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.241 |
| 6S5T Legionella pneumophila SidJ-Human calmodulin complex 提交 2019-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–873（873 aa）
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未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.15 Å |
| 7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
97–851（755 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.50 Å |
| 7MIS Cryo-EM structure of SidJ-SdeC-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
97–851（755 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
99–873（775 aa）
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突变：E565A | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.91 Å |
| 7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
99–873（775 aa）
|
突变：E565A | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |