当前蛋白身份：Q66HM2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VGL AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE 提交 2007-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
片段：1-621
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；18% PEG, 10MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2, 200MM NACL, 4MM DTT, IP6
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.339 |
| 2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-621
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 2XA7 AP2 clathrin adaptor core in active complex with cargo peptides 提交 2010-03-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-621
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.6-0.8M LISO4, 0.6-0.7M NH4SO4, 100MM NA CITRATE PH 6.5; CRYOPROTECTANT 20% GLYCEROL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–396（396 aa）
片段：Residues 1-396
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
1–396（396 aa）
片段：Residues 1-396
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–396（396 aa）
片段：Residues 1-396
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 4NEE crystal structure of AP-2 alpha/simga2 complex bound to HIV-1 Nef 提交 2013-10-29 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–396（396 aa）
片段：Residues 1-396
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；288 K；70mM CHES pH 9.5, 140mM NaCl, 7% PEG8000, 21% glycerol, 0.2mM inositol hexakisphosphate (IP6), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.267 |
| 6OWT Structure of SIVsmm Nef and SMM tetherin bound to the clathrin adaptor AP-2 complex 提交 2019-05-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–939（939 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 6QH5 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core in closed conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；289 K；20% PEG 1000; 100 mM Na+/K+ phosphate buffer (pH 7.2), 200 mM NaCl, and 10 mM DTT
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分辨率 2.56 Å R-free 0.257 |
| 6QH6 AP2 clathrin adaptor core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.285 |
| 6QH7 AP2 clathrin adaptor mu2T156-phosphorylated core with two cargo peptides in open+ conformation 提交 2019-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；7.5% PVA, 9% 1-propanol, 90 mM Hepes pH 7.4, 100 mM guanidine hydrochloride
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分辨率 3.40 Å R-free 0.248 |
| 6URI HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex 提交 2019-10-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.9；298 K；15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES
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分辨率 3.00 Å R-free 0.277 |
| 6YAE AP2 core in physiological buffer 提交 2020-03-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–621（621 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |