当前蛋白身份：Q6CPG3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3J80 CryoEM structure of 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex 提交 2014-08-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 67 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 3.75 Å |
| 3J81 CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex 提交 2014-08-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 3 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 4.00 Å |
| 3JAM CryoEM structure of 40S-eIF1A-eIF1 complex from yeast 提交 2015-06-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 3.46 Å |
| 3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.90 Å |
| 5IT7 Structure of the Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with the cricket paralysis virus IRES and eEF2 提交 2016-03-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 d
4–56（53 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 6 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 6EM (2S)-1-amino-N,N,N-trimethyl-1-oxobutan-2-aminium × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5IT9 Structure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the cricket paralysis virus IRES. 提交 2016-03-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 d
4–56（53 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 d
4–56（53 aa）
|
未记录 | 7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.15 Å |
| 6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 d
4–56（53 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.75 Å |
| 6UZ7 K.lactis 80S ribosome with p/PE tRNA and eIF5B 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8I7J Yeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head 提交 2023-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES pH7.4, 100 mM potassium acetate pH7.6, 2.5 mM Magnesium acetate,
2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out in nitrogen atmosphere.
|
分辨率 4.60 Å |
| 8RW1 Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8S8D Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 8S8F Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 8S8G Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8S8H Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.2) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric（41） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8S8I Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 8S8K Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in swivelled conformation (model py48S-AUC-swiv-eIF1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 d
1–56（56 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 96 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |