当前蛋白身份：Q6MZV7
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5NSC Fc DEKK heterodimer variant 提交 2017-04-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
242–473（232 aa）
链 B
242–473（232 aa）
|
突变：L351K, T366K 突变：L351D, L368E | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.265 |
| 5NSG Fc DEDE homodimer variant 提交 2017-04-26 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
242–473（232 aa）
|
突变：L351D, L368E | ZN ZINC ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；acetate buffer pH 4.5, 0.2 M zinc acetate, 16% w/v PEG 3000
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.243 |
| 5U4Y IgG Fc bound to 3 helix of the B-domain from Protein A 提交 2016-12-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
261–472（212 aa）
片段：unp residues 261-472
链 B
261–472（212 aa）
片段：unp residues 261-472
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 3400, 0.1M magnesium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.0.
Protein concentration 5mg/mL.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.230 |
| 5U52 2 helix minimized version of the B-domain from Protein A (Z34C0 bound to IgG1 Fc (monoclinic form) 提交 2016-12-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
262–469（208 aa）
片段：unp residues 262-469
链 B
262–469（208 aa）
片段：unp residues 262-469
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG monomethyl ether 550, 0.1M bis-tris propane pH 6.5, 0.1M NaCl, 5mg/mL protein concentration.
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.228 |
| 5U66 Modified single helix from the B-domain of protein A bound to IgG1 Fc 提交 2016-12-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
263–469（207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；20% PEG 4000, 0.1M HEPES pH 7.2,
5mg/mL protein concentration.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 5VME Crystal structure of human IgG1 Fc K248E, T437R mutant 提交 2017-04-27 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
251–473（223 aa）
链 B
251–473（223 aa）
|
突变：K248, T437R 突变：K248, T437R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；35.5% PEG 300, 0.1 M HEPES, pH 7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.285 |
| 6CHF Crystal structure of a Fc fragment LALA mutant (L234A, L235A) of human IgG1 (crystal form 1) 提交 2018-02-22 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
260–473（214 aa）
链 B
260–473（214 aa）
|
突变：L234A L235A 突变：L234A L235A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；20% PEG MME 5,000
0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.273 |
| 6CJC CRYSTAL STRUCTURE OF A FC FRAGMENT LALA MUTANT (L234A, L235A) OF HUMAN IGG1 (CRYSTAL FORM 3) 提交 2018-02-26 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
260–473（214 aa）
链 B
260–473（214 aa）
|
突变：L234A, L235A 突变：L234A, L235A | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；20% PEG MME 5,000
0.1 M Bis-Tris. pH 6.5
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.241 |
| 6CJX Crystal structure of a Fc fragment LALA mutant (L234A, L235A) of human IgG1 (crystal form 2) 提交 2018-02-27 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
260–473（214 aa）
链 B
260–473（214 aa）
|
突变：L234A, L235A 突变：L234A, L235A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；25% PEG 3,350
0.1 M Bus-Tris pH 6.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.264 |
| 6N9T Structure of a peptide-based photo-affinity cross-linker with Herceptin Fc 提交 2018-12-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
249–472（224 aa）
片段：residues 249-472
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；100mM sodium acetate pH=5.6, 12%(w/v) PEG 1000
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.265 |
| 6N9T Structure of a peptide-based photo-affinity cross-linker with Herceptin Fc 提交 2018-12-04 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
249–472（224 aa）
片段：residues 249-472
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；100mM sodium acetate pH=5.6, 12%(w/v) PEG 1000
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.265 |
| 6P6D HUMAN IGG1 FC FRAGMENT, C239 INSERTION MUTANT 提交 2019-06-03 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
247–473（227 aa）
链 B
247–473（227 aa）
|
突变：C239 insertion 突变：C239 insertion | CYS CYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；12 mg/mL protein, 20% w/v PEG 3350, 200 mM K Acetate
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.268 |
| 7LF5 Structure of Hyperglycosylated Human IgG1 Fc (Fc267) 提交 2021-01-15 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
242–473（232 aa）
|
未记录 | FUC alpha-L-fucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；CRYSTALS GROWN BY MIXING 1 UL OF FC267 (10 MG/ML IN 10mM HEPES, 75mM NaCl pH 7.4) WITH 1 UL OF PRECIPITANT SOLUTION CONSISTING OF 0.1M HEPES pH 6.5, 8% w/v PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 7LF9 Structure of Hyperglycosylated Human IgG1 Fc (Fc329) 提交 2021-01-15 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
242–473（232 aa）
链 B
242–473（232 aa）
|
未记录 | FUC alpha-L-fucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；CRYSTALS GROWN BY MIXING 1 UL OF FC329 (10 MG/ML IN 10mM HEPES, 75mM NaCl pH 7.4) WITH 1 UL OF PRECIPITANT SOLUTION CONSISTING OF 0.1M HEPES pH 6.5, 12.571% w/v PEG6000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 7LFN Structure of Hyperglycosylated Human IgG1 Fc (Fc267_329) 提交 2021-01-17 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
242–473（232 aa）
链 B
242–473（232 aa）
|
未记录 | FUC alpha-L-fucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；CRYSTALS GROWN BY MIXING 1 UL OF FC267_329 (10 MG/ML IN 10mM HEPES, 75mM NaCl pH 7.4) WITH 1 UL OF PRECIPITANT SOLUTION CONSISTING OF 0.025M MES pH 7.0, 0.1M KCl, 20.571% w/v PEG3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 7RHO Human IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli 提交 2021-07-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
链 B
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；20% (w/v) PEG 6000, 40 mM CaCl2, 100 mM NaHepes
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.270 |
| 7RHO Human IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli 提交 2021-07-18 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
链 E
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；20% (w/v) PEG 6000, 40 mM CaCl2, 100 mM NaHepes
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.270 |
| 7RHO Human IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli 提交 2021-07-18 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
链 G
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；20% (w/v) PEG 6000, 40 mM CaCl2, 100 mM NaHepes
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.270 |
| 7RHO Human IgG1 Fc fragment, hinge-free, expressed in E. coli 提交 2021-07-18 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
链 K
263–473（211 aa）
片段：engineered variant
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；20% (w/v) PEG 6000, 40 mM CaCl2, 100 mM NaHepes
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.270 |
| 8F8W Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 fragment crystal form I 提交 2022-11-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
247–470（224 aa）
链 B
247–470（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES 7.5 20 % w/v PEG 8000. Cryopreserved with 12.5% glycerol.
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.241 |
| 8F8W Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 fragment crystal form I 提交 2022-11-22 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
247–470（224 aa）
链 F
247–470（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES 7.5 20 % w/v PEG 8000. Cryopreserved with 12.5% glycerol.
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.241 |
| 8F8X Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 fragment crystal form II 提交 2022-11-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
247–470（224 aa）
链 B
247–470（224 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % w/v PEG 6000, 0.1 M Sodium citrate 4.0, 0.2 M Lithium chloride. No additional cryoprotectant.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.285 |
| 8Q5U Endoglycosidase S2 in complex with IgG1 Fc 提交 2023-08-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
247–473（227 aa）
链 B
247–473（227 aa）
链 C
247–473（227 aa）
|
突变：L234C E382A 突变：L234C E382A 突变：L234C E382A | GOL GLYCEROL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Morpheus (Molecular Dimensions) conditon G12:
0.1 M carboxylic acids(0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate); 0.1 M buffer system 3(Tris (base); BICINE); pH 8.5; 37.5 v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.252 |
| 9IUJ Integrin alpha-v beta-3 in complex with rhodostomin 提交 2024-07-22 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
247–473（227 aa）
链 B
247–473（227 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9JEI Integrin alpha-v beta-3 in complex with Echistatin 提交 2024-09-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
247–473（227 aa）
链 B
247–473（227 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9LT3 Integrin alpha-v beta-3 in complex with Trimucrin 提交 2025-02-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
247–473（227 aa）
链 B
247–473（227 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |