当前蛋白身份：Q6UDW7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2Y8D STRUCTURE OF DBL6 EPSILON DOMAIN FROM VAR2CSA STRAIN FCR3 提交 2011-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2326–2631（306 aa）
片段：DBL6 EPSILON, RESIDUES 2326-2631
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未记录 | DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 2 BEN BENZAMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；30% PEG 4000, 0.1M NA ACETATE, PH 4.8, 0.1M MGCL2, 2.6% BENZAMIDINE, 10MG/ML PROTEIN IN 0.02M TRIS PH 8, 0.14M NACL, 0.045M CYSTAMINE; VAPOUR DIFFUSION
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分辨率 1.84 Å R-free 0.235 |
| 3BQI Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X from a var2csa encoded PfEMP1 protein 提交 2007-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1218–1577（360 aa）
片段：DBL3X domain
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.291 |
| 3BQK Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X from a var2csa encoded PfEMP1 protein in complex with sulphate 提交 2007-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1218–1577（360 aa）
片段：DBL3X domain
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 4K, 20mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 1.80 Å R-free 0.286 |
| 3BQL Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X domain from a var2csa encoded PfEMP1 protein 提交 2007-12-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1218–1577（360 aa）
片段：DBL3X domain
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% PEG 4K, 20mM HEPES pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 3CML Crystal Structure of the DBL3x domain of the Plasmodium falcipurum VAR2CSA protein 提交 2008-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1220–1580（361 aa）
片段：DBL3x domain (UNP residues 1220-1580)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
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分辨率 1.90 Å R-free 0.253 |
| 3CPZ Crystal structure of VAR2CSA DBL3x domain in the presence of dodecasaccharide of CSA 提交 2008-04-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1220–1580（361 aa）
片段：DBL3x domain (UNP residues 1220-1580)
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.80 Å R-free 0.353 |
| 4P1T Crystal structure of the DBL3X-DBL4epsilon double domain from the extracellular part of VAR2CSA PfEMP1 from Plasmodium falciparum 提交 2014-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1215–1950（736 aa）
片段：DBL3X-DBL4epsilon double domain (UNP residues 1215-1950)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；18% PEG 3000, 100 mM Bis-Tris buffer, 300 mM sodium chloride
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分辨率 2.90 Å R-free 0.276 |
| 7B52 VAR2CSA full ectodomain 提交 2020-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2649（2649 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5, 125mM KCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Added 1mM FF8 as additive just before freezing
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分辨率 3.80 Å |
| 7B54 VAR2CSA full ectodomain in present of plCS, DBL1-DBL4 提交 2020-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
500–1985（1486 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5 and 75mM KCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.10 Å |
| 7JGD Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 3.4 A 提交 2020-07-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2649（2649 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.38 Å |
| 7JGE Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 4 A 提交 2020-07-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2649（2649 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.00 Å |
| 7JGF Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 domains DBL5 and DBL6 at 4.69 A 提交 2020-07-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2649（2649 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.69 Å |
| 7NNH Cryo-EM structure of VAR2CSA FCR3 domain DBL5/6 提交 2021-02-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
1–2649（2649 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris pH 7.5 and 75mM KCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.00 Å |
| 7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 M
1–2628（2628 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.56 Å |