当前蛋白身份：Q6VPE5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3MF7 Crystal Structure of (R)-oxirane-2-carboxylate inhibited cis-CaaD 提交 2010-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
片段：UNP residues 2-118
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 4.6；298 K；three micro liter of 15.6mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 0.125 M CaCl2, 0.07 M sodium acetate buffer, 12.5% isopropanol, hanging drop, temperature 298K, pH 4.6
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.222 |
| 3MF8 Crystal Structure of Native cis-CaaD 提交 2010-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
片段：UNP residues 2-118
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 9；298 K；three micro liter of 14 mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine buffer (pH 9.0), hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.236 |
| 9NF1 cis-CaaD E114D mutant 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114D 突变：E114D 突变：E114D | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,351
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.220 |
| 9NF3 cis-CaaD E114D mutant with a covalent ethylene intermediate of the hydration and decarboxylation of cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114D 突变：E114D 突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,353
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 9NF9 cis-CaaD E114N mutant apo 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–150（150 aa）
链 B
1–150（150 aa）
链 C
1–150（150 aa）
|
突变：E114N 突变：E114N 突变：E114N | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；(0.03 M citric acid, 0.07 M BIS-TRIS propane) pH 7.6
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.290 |
| 9NFD cis-CaaD E114N mutant with acetylenecarboxylic acid substrate and hydration product malonic semialdehyde 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
未记录 | FK2 3-oxidanylidenepropanoic acid × 2 A1BXY prop-2-ynoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 6 17% w/v PEG 3,355
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.276 |
| 9NFF Native cis-CaaD with acetylenecarboxylic acid substrate 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
未记录 | A1BXY prop-2-ynoic acid × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% w/v PEG 3,353
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.262 |
| 9NFH Native cis-CaaD 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.18 M ammonium acetate 16% PEG 3,352
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.213 |
| 9NG4 cis-CaaD Y103F mutant apo 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：Y103F 突变：Y103F 突变：Y103F | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M sodium fluoride 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.274 |
| 9NG5 cis-CaaD Y103F mutant soaked with acetylencarboxylic acid 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M magnesium sulfate hep-tahydrate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.354 |
| 9NG7 cis-CaaD H28A mutant 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium acetate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.231 |
| 9NG8 cis-CaaD T34A mutant apo 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–150（150 aa）
链 B
1–150（150 aa）
链 C
1–150（150 aa）
|
突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.283 |
| 9NG9 cis-CaaD T34A mutant soaked with acetylenecarboxylic acid 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–150（150 aa）
链 B
1–150（150 aa）
链 C
1–150（150 aa）
|
突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.280 |
| 9NGA cis-CaaD T34A mutant soaked with cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.308 |
| 9NGB truncated cis-CaaD 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–120（119 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.301 |
| 9NGD cis-CaaD/Cg10062 chimera 提交 2025-02-22 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–120（119 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M lithium chloride 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.336 |
| 9NGL cis-CaaD E114Q 提交 2025-02-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114Q 突变：E114Q 突变：E114Q | PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,354
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 9O2N cis-CaaD Y103F mutant soaked with cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M sodium fluoride 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.237 |
| 9YRI cis-CaaD E114Q mutant with covalent intermediates of the hydration and decarboxylation of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 citric acid, 0.05 BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,352
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 9YRJ Cis-CaaD E114Q mutant with a covalent hydroxypropionate intermediate of the hydration of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114Q 突变：E114Q 突变：E114Q | 3OH 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,350
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.240 |
| 9YTU cis-CaaD E114D mutant with a covalent intermediates of the hydration of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–150（149 aa）
链 B
2–150（149 aa）
链 C
2–150（149 aa）
|
突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E114D | A1BXY prop-2-ynoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,360
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.260 |