当前蛋白身份：Q70CQ3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5OHK Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (high resolution) 提交 2017-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
链 A
217–357（141 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
链 A
432–502（71 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
|
突变：;construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) ; 突变：;construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) ; 突变：;construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 13 (R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) ; | ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1 M sodium citrate pH 5.4, 0.2 M lithium sulfate
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.261 |
| 5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
64–357（294 aa）
片段：UNP residues 64-360,UNP residues 432-502
链 A
432–502（71 aa）
片段：UNP residues 64-360,UNP residues 432-502
|
突变：construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A) 突变：construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A) | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.253 |
| 5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
64–357（294 aa）
片段：UNP residues 64-360,UNP residues 432-502
链 C
432–502（71 aa）
片段：UNP residues 64-360,UNP residues 432-502
|
突变：construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A) 突变：construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A),construct 8 (F348D, M350D, I353E, L358S, L359N, G360A) | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.253 |
| 5OHP Crystal structure of USP30 (C77A) in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2017-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
链 A
217–357（141 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
链 A
432–502（71 aa）
片段：UNP residues 64-178,UNP residues 217-357,UNP residues 432-502
|
突变：construct 13i (C77A, R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) 突变：construct 13i (C77A, R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) 突变：construct 13i (C77A, R179G, Q180S, P181G, R182S, F348D, M350S, I353E, L358S, L359N, G360A) | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.73 M sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.249 |
| 8D0A Crystal structure of human USP30 in complex with a covalent inhibitor 829 and a Fab 提交 2022-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
链 A
217–357（141 aa）
链 A
432–502（71 aa）
|
突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E | PKH ~{N}-[(1~{R},2~{R},4~{S},7~{E})-7-[azanyl(sulfanyl)methylidene]-7$l^{4}-azabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-chloranyl-4-(6-cyclopropylpyrazin-2-yl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 22% PEG 4000, 4% 2,2,2-Trifluoroethanol
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.290 |
| 8D1T Crystal structure of human USP30 in complex with a covalent inhibitor 552 and a Fab 提交 2022-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
链 A
217–357（141 aa）
链 A
432–502（71 aa）
|
突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E | PXW (1R,2R,4S,7E)-7-[amino(sulfanyl)methylidene]-2-{[(1P)-3-chloro-3'-(1-cyanocyclopropyl)[1,1'-biphenyl]-4-carbonyl]amino}-7-azabicyclo[2.2.1]heptan-7-ium × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 22% PEG 4000, 4% 1,3-Butanediol
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.294 |
| 9F19 Human USP30 chimera in complex with NK036 inhibitor 提交 2024-04-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
链 A
217–224（8 aa）
链 A
249–275（27 aa）
链 A
318–348（31 aa）
链 A
437–502（66 aa）
链 B
64–178（115 aa）
链 B
217–224（8 aa）
链 B
249–275（27 aa）
链 B
318–348（31 aa）
链 B
437–502（66 aa）
|
未记录 | A1H8X 4-fluoranyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(2-methyl-1-oxidanyl-propan-2-yl)sulfamoyl]phenyl]amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]benzamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；76 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 1)
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；85 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 2)
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；88 mM NaOH, 100 mM Bicine, 11% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM Sarcosine (Crystal 3)
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.266 |
| 9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
链 A
217–224（8 aa）
链 A
249–275（27 aa）
链 A
318–348（31 aa）
链 A
437–502（66 aa）
|
未记录 | AYE prop-2-en-1-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.211 |
| 9LYF Structure-based Discovery of Novel non-Covalent Small Molecule Inhibitors of USP30 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
64–178（115 aa）
链 A
217–357（141 aa）
链 A
432–502（71 aa）
|
突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E 突变：F348D,M350S,I353E | A1L7W 5-(3-cyanophenyl)-~{N}-[[(3~{S})-1-(iminomethyl)pyrrolidin-3-yl]methyl]-1,3,4-oxadiazole-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.272 |