当前蛋白身份：Q8IUX4
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3WUS Crystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F 提交 2014-05-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
187–373（187 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 187-373
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；8.5% PEG 20000, 2% Dioxane, 300mM L-Arginine HCl, 85mM Na BICINE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.256 |
| 3WUS Crystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F 提交 2014-05-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
187–373（187 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 187-373
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；8.5% PEG 20000, 2% Dioxane, 300mM L-Arginine HCl, 85mM Na BICINE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.256 |
| 4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
185–373（189 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.233 |
| 4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
185–373（189 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.233 |
| 4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
185–373（189 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.233 |
| 4IOU Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F 提交 2013-01-08 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
185–373（189 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.233 |
| 4J4J Crystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain 提交 2013-02-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
218–373（156 aa）
片段：UNP residues 218-373
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；18% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.0, 25% (w/v) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.277 |
| 4J4J Crystal structure of the APOBEC3F Vif binding domain 提交 2013-02-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–373（156 aa）
片段：UNP residues 218-373
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；18% (w/v) PEG 8000, 0.1 M CHES pH 9.0, 25% (w/v) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.277 |
| 5HX4 Zinc-Free APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
185–373（189 aa）
片段：UNP residues 185-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tacsimate pH5.0, PEG3350, Glycerol
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分辨率 1.92 Å R-free 0.214 |
| 5HX4 Zinc-Free APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
185–373（189 aa）
片段：UNP residues 185-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tacsimate pH5.0, PEG3350, Glycerol
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.214 |
| 5HX5 APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
185–373（189 aa）
片段：UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302K, W310D, K355D, K358D, F363D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG3350, MgCl2
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.264 |
| 5HX5 APOBEC3F Catalytic Domain Crystal Structure 提交 2016-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
185–373（189 aa）
片段：UNP residues 185-373
|
突变：Y196D, H247G, C248R, C259A, F302K, W310D, K355D, K358D, F363D | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG3350, MgCl2
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.264 |
| 5W2M APOBEC3F Catalytic Domain Complex with a Single-Stranded DNA 提交 2017-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric（12） 待复核 |
链 A
190–373（184 aa）
链 B
190–373（184 aa）
链 C
190–373（184 aa）
链 D
190–373（184 aa）
链 J
190–373（184 aa）
链 K
190–373（184 aa）
链 L
190–373（184 aa）
链 M
190–373（184 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.05 M HEPES, pH 7.0,
0.1 M Potassium chloride,
0.005 M Magnesium Sulfate,
15%(v/v) MPD
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.267 |
| 5ZVA APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9) 提交 2018-05-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
218–373（156 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD)
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.208 |
| 5ZVA APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dC9) 提交 2018-05-09 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–373（156 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol(MPD)
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.208 |
| 5ZVB APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9) 提交 2018-05-09 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
218–373（156 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
(MPD)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 5ZVB APOBEC3F Chimeric Catalytic Domain in Complex with DNA(dT9) 提交 2018-05-09 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–373（156 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.05M sodium cacodylate, pH 6.5, and 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
(MPD)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 6NIL cryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex 提交 2018-12-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
185–373（189 aa）
片段：C-terminal domain
链 D
185–373（189 aa）
片段：C-terminal domain
链 G
185–373（189 aa）
片段：C-terminal domain
链 J
185–373（189 aa）
片段：C-terminal domain
|
突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D 突变：Y196D, H247G, C248R, F302K, W310K, Y314A, Q315A, K355D, K358D, F363D | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 8VUD Crystal structure of APOBEC3F-CD1 提交 2024-01-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
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分辨率 2.60 Å R-free 0.239 |
| 8VUD Crystal structure of APOBEC3F-CD1 提交 2024-01-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–190（190 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.239 |