当前蛋白身份：Q8IW19
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KQB First PBZ domain of human APLF protein 提交 2009-11-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–451（84 aa）
片段：sequence database residues 363-451, PBZ-type 1 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.5-0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.5-0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KQC Second PBZ domain of human APLF protein 提交 2009-11-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–451（84 aa）
片段：sequence database residues 368-451, PBZ-type 2 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.5-0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.5-0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KQD First PBZ domain of human APLF protein in complex with ribofuranosyladenosine 提交 2009-11-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–451（84 aa）
片段：sequence database residues 363-451, PBZ-type 1 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADN ADENOSINE × 1 RIB alpha-D-ribofuranose × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6；286 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 2 mM RFA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 2 mM RFA, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KQE Second PBZ domain of human APLF protein in complex with ribofuranosyladenosine 提交 2009-11-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
368–451（84 aa）
片段：sequence database residues 363-451, PBZ-type 2 domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADN ADENOSINE × 1 RIB alpha-D-ribofuranose × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6；286 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 2 mM RFA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
20 mM potassium pyrophosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM zinc sulphate, 2 mM [U-2H] DTT, 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] APLF_363-451, 2 mM RFA, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KUO Structure and identification of ADP-ribose recognition motifs of APLF and role in the DNA damage response 提交 2010-02-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
360–448（89 aa）
片段：APLF TZF
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 ambient
NMR样品组成
0.5-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
0.5-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 99% D2O | 99% D2O
NMR样品组成
0.1 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
0.1 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM sodium phosphate, 150 mM potassium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 2 mM magnesium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 15N] APLF Tandem ZF, 20 mM Bis-tris, 500 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 0.05 mM zinc chloride, 10 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5E50 APLF/XRCC4 complex 提交 2015-10-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–105（105 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Protein complex at 10 mg/ml, in 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol. The complex crystallised from hanging drops set up at 18 oC with equal volumes of protein and reservoir solution 0.1M Tris pH 8.0, 30% w/v PEG 3350, 0.2M MgCl2.
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.174 |
| 5E50 APLF/XRCC4 complex 提交 2015-10-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–105（105 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Protein complex at 10 mg/ml, in 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol. The complex crystallised from hanging drops set up at 18 oC with equal volumes of protein and reservoir solution 0.1M Tris pH 8.0, 30% w/v PEG 3350, 0.2M MgCl2.
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.174 |
| 5W7W Crystal Structure of FHA domain of human APLF 提交 2017-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 T
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；3.5M sodium formate
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.164 |
| 5W7W Crystal Structure of FHA domain of human APLF 提交 2017-06-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；3.5M sodium formate
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.164 |
| 5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide
0.6mM APLF
0.5M lithium chloride
0.1M Tris
28% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide
0.6mM APLF
0.5M lithium chloride
0.1M Tris
28% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide
0.6mM APLF
0.5M lithium chloride
0.1M Tris
28% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5W7X Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 bisphospho peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM XRCC1 bisphosphopeptide
0.6mM APLF
0.5M lithium chloride
0.1M Tris
28% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5W7Y Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 monophosphorylated mutated peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM APLF
0.6mM XRCC1 peptide
0.1M Tris
30% PEG 1000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.237 |
| 5W7Y Crystal Structure of FHA domain of human APLF in complex with XRCC1 monophosphorylated mutated peptide 提交 2017-06-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–105（105 aa）
片段：UNP residues 1-105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.6mM APLF
0.6mM XRCC1 peptide
0.1M Tris
30% PEG 1000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.237 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 Q
174–191（18 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 R
174–191（18 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 S
174–191（18 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 | Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 T
174–191（18 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane
13% PEG 3350
150 mM Na nirate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.227 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 E
449–490（42 aa）
链 J
449–490（42 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 O
449–490（42 aa）
链 T
449–490（42 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 Y
449–490（42 aa）
链 d
449–490（42 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 i
449–490（42 aa）
链 n
449–490（42 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |