当前蛋白身份：Q8TCU6
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3QIK Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1 提交 2011-01-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
607–706（100 aa）
片段：UNP Residues 607-706
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate. Soaked for 6 hours in 0.01 M potassium hexaiodoplatin-(IV)-ate and mother liquor, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.269 |
| 4YON P-Rex1:Rac1 complex 提交 2015-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–404（404 aa）
片段：UNP residues 1-404
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 sodium MES, pH 6.5, 0.2M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.183 |
| 5D27 Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain 提交 2015-08-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–408（164 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Magnesium chloride, PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.232 |
| 5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.215 |
| 5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.215 |
| 5D3W Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.215 |
| 5D3W Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.215 |
| 5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.258 |
| 5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
245–408（164 aa）
片段：unp residues 245-408
|
未记录 | 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.258 |
| 5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
38–201（164 aa）
链 A
202–408（207 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.235 |
| 5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
38–201（164 aa）
链 C
202–408（207 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.235 |
| 5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
38–201（164 aa）
链 E
202–408（207 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.235 |
| 5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
38–201（164 aa）
链 G
202–408（207 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.235 |
| 5FI1 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Cdc42 提交 2015-12-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
38–201（164 aa）
链 A
202–408（207 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；Ammonium citrate, PEG 3350
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.198 |
| 6VSK Crystal structure of the P-Rex1 DEP1 domain 提交 2020-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
409–499（91 aa）
片段：P-Rex1DEP1 domain (UNP residues 409-499)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 45% w/v poly(acrylic acid sodium salt)2100
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.233 |
| 7RX9 Structure of autoinhibited P-Rex1 提交 2021-08-22 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–305（265 aa）
链 A
323–502（180 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.05 MES pH 6.0
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.262 |
| 7SYF Reconstruction of full-length Prex-1 (PtdIns(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1) 提交 2021-11-24 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
41–305（265 aa）
链 A
323–1117（795 aa）
链 A
1212–1659（448 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8TUA Full-length P-Rex1 in complex with inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate (IP4) 提交 2023-08-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
35–1659（1625 aa）
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未记录 | 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |