当前蛋白身份：Q96GG9
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3TDU N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
片段：unp residues 62-259
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；276 K；27% PEG1500, 0.1M MIB, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.232 |
| 3TDU N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
62–259（198 aa）
片段：unp residues 62-259
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；276 K；27% PEG1500, 0.1M MIB, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.232 |
| 3TDZ N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-stapled acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
片段：unp residues 62-259
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21% PEG3350, 0.2M KCl, pH Unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 3TDZ N-terminal acetylation acts as an avidity enhancer within an interconnected multiprotein complex: Structure of a human Cul1WHB-Dcn1P-stapled acetylated Ubc12N complex 提交 2011-08-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
62–259（198 aa）
片段：unp residues 62-259
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21% PEG3350, 0.2M KCl, pH Unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
62–259（198 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.284 |
| 4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
62–259（198 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.284 |
| 5UFI DCN1 bound to DI-591 提交 2017-01-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
58–259（202 aa）
片段：UNP residues 58-259
|
未记录 | 8B1 N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 4000 and 100 mM potassium phosphate (monobasic)
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.240 |
| 5UFI DCN1 bound to DI-591 提交 2017-01-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
58–259（202 aa）
片段：UNP residues 58-259
|
未记录 | 8B1 N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 4000 and 100 mM potassium phosphate (monobasic)
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.240 |
| 5UFI DCN1 bound to DI-591 提交 2017-01-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
58–259（202 aa）
片段：UNP residues 58-259
|
未记录 | 8B1 N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 4000 and 100 mM potassium phosphate (monobasic)
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.240 |
| 5UFI DCN1 bound to DI-591 提交 2017-01-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
58–259（202 aa）
片段：UNP residues 58-259
|
未记录 | 8B1 N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 4000 and 100 mM potassium phosphate (monobasic)
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.240 |
| 5V83 Structure of DCN1 bound to NAcM-HIT 提交 2017-03-21 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
未记录 | 8Z7 N-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5V86 Structure of DCN1 bound to NAcM-OPT 提交 2017-03-21 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
片段：residues 62-259
|
突变：D127A, R154A | 8ZA N-benzyl-N-(1-butylpiperidin-4-yl)-N'-(3,4-dichlorophenyl)urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.195 |
| 5V88 Structure of DCN1 bound to NAcM-COV 提交 2017-03-21 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：D127A, R154A | 8ZD N-{2-[({1-[(2R)-pentan-2-yl]piperidin-4-yl}{[3-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}amino)methyl]phenyl}propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.189 |
| 6B5Q DCN1 bound to 38 提交 2017-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
58–259（202 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；37 % PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.241 |
| 6B5Q DCN1 bound to 38 提交 2017-09-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
58–259（202 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；37 % PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.241 |
| 6BG3 Structure of (3S,4S)-1-benzyl-4-(3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)ureido)piperidin-3-yl acetate bound to DCN1 提交 2017-10-27 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
片段：PONY
|
未记录 | DOJ N-{(3S,4S)-1-benzyl-3-[(1S)-1-hydroxyethoxy]piperidin-4-yl}-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.05 Å R-free 0.173 |
| 6BG5 Structure of 1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-ylmethyl)-1-(1-propylpiperidin-4-yl)-3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)urea bound to DCN1 提交 2017-10-27 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
片段：PONY
|
未记录 | DQD N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-N-(1-propylpiperidin-4-yl)-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.172 |
| 6P5V Structure of DCN1 bound to N-((4S,5S)-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-3-methyl-6-oxo-1-phenyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-3-methylbenzamide 提交 2019-05-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 O37 N-[(4S,5S)-1-[(1S)-cyclohex-3-en-1-yl]-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-3-methyl-6-oxo-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]-3-methylbenzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；7% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.205 |
| 6P5W Structure of DCN1 bound to 3-methyl-N-((4S,5S)-3-methyl-6-oxo-1-phenyl-4-(p-tolyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)benzamide 提交 2019-05-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
未记录 | O0A 3-methyl-N-[(4S,5S)-3-methyl-4-(4-methylphenyl)-6-oxo-1-phenyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.222 |
| 6XOL DCN1 bound to DI-1548 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | H8S N-{(1S)-1-cyclohexyl-2-[(2-methylpropanoyl)amino]ethyl}-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28-33 % PEG3350, 200 mM ammonium formate
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.264 |
| 6XOM DCN1 bound to 8 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H8V (2R)-N-[(2S)-2-cyclohexyl-2-({N-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alanyl}amino)ethyl]-2-methyl-4-(morpholin-4-yl)butanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；28 - 33% PEG 3350, 200 mM ammonium formate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.243 |
| 6XON DCN1 bound to inhibitor 9 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | H9M (2S)-N-[(2S)-2-cyclohexyl-2-({N-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alanyl}amino)ethyl]-4-(dimethylamino)-2-methylbutanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；28-33% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.289 |
| 6XOO DCN1 bound to DI-1859 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | H8S N-{(1S)-1-cyclohexyl-2-[(2-methylpropanoyl)amino]ethyl}-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；28-33% PEG 3350, 200 mM Ammonium formate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.242 |
| 6XOP DCN1 bound to inhibitor 10 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | H9P N-[(1S)-1-cyclohexyl-2-{[(2S)-3-(1H-imidazol-1-yl)-2-methylpropanoyl]amino}ethyl]-N~2~-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alaninamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；28-33% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.247 |
| 6XOQ DCN1 covalently bound to inhibitor 4 提交 2020-07-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
突变：C54T,C97A,D127A,A146T,R154A | H9S (2E)-N-[(2S)-2-cyclohexyl-2-({N-propanoyl-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-L-alanyl}amino)ethyl]-4-(morpholin-4-yl)but-2-enamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28-33% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.247 |
| 7KWA Structure of DCN1 bound to N-((4S,5S)-3-(aminomethyl)-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-6-oxo-1-phenyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-3-(trifluoromethyl)benzamide 提交 2020-11-30 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
62–259（198 aa）
|
未记录 | YHP N-[(4S,5S)-3-(aminomethyl)-7-ethyl-4-(4-fluorophenyl)-6-oxo-1-phenyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；277 K；6% PEG3350, 0.2M NH4Br
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.209 |
| 8OR2 CAND1-CUL1-RBX1-DCNL1 提交 2023-04-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–259（259 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8OR3 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-DCNL1 提交 2023-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 F
1–259（259 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |