当前蛋白身份：Q96SD1
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3W1B Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Mercury Derivative) 提交 2012-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
485–495（11 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 10 HG MERCURY (II) ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.225 |
| 3W1G Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Native) 提交 2012-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
485–495（11 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.234 |
| 4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
485–495（11 aa）
片段：C-terminal
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.249 |
| 4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
485–495（11 aa）
片段：C-terminal
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.249 |
| 6TT5 Crystal structure of DCLRE1C/Artemis 提交 2019-12-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
1–361（361 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% PEG 3350
0.3 M Ammonium Chloride
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分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 6WNL human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 2 提交 2020-04-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–368（367 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)
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分辨率 2.37 Å R-free 0.280 |
| 6WNL human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 2 提交 2020-04-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–368（367 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.280 |
| 6WO0 human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 1 提交 2020-04-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–368（367 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.270 |
| 7ABS Structure of human DCLRE1C/Artemis in complex with DNA - re-evaluation of 6WO0 提交 2020-09-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–368（367 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.276 |
| 7AF1 The structure of Artemis/SNM1C/DCLRE1C with 2 Zinc ions 提交 2020-09-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–361（361 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% PEG 3350 0.3 M Ammonium Chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 7AFS The structure of Artemis variant D37A 提交 2020-09-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–361（361 aa）
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突变：D37A | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-TRIS pH 5.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.216 |
| 7AFU The structure of Artemis variant H33A 提交 2020-09-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–361（361 aa）
|
突变：H33A | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.212 |
| 7AGI The structure of Artemis variant H35D 提交 2020-09-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–361（361 aa）
|
突变：H35D | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；0.1M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 7APV Structure of Artemis/DCLRE1C/SNM1C in complex with Ceftriaxone 提交 2020-10-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–361（361 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 9F2 Ceftriaxone × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；15% PEG3350 and 0.2 M Ammonium chloride
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分辨率 1.95 Å R-free 0.227 |
| 7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–692（692 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |
| 7TYR Cryo-EM structure of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex (see COMPND 13/14) 提交 2022-02-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–692（692 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunge-freeze was performed using a home-made manual plunger at typical indoor humidity (Los Angeles, CA) and at room temperature.
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分辨率 3.33 Å |