当前蛋白身份：Q97ZE7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1QZW Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Ammonium sulphate, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 4.10 Å R-free 0.387 |
| 1QZW Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Ammonium sulphate, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.387 |
| 1QZW Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Ammonium sulphate, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 4.10 Å R-free 0.387 |
| 1QZW Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Ammonium sulphate, sodium chloride, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 4.10 Å R-free 0.387 |
| 1QZX Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, litium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 4.00 Å R-free 0.383 |
| 1QZX Crystal structure of the complete core of archaeal SRP and implications for inter-domain communication 提交 2003-09-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–432（432 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, litium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 4.00 Å R-free 0.383 |
| 3KL4 Recognition of a signal peptide by the signal recognition particle 提交 2009-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–432（431 aa）
片段：UNP residues 2-432
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；295 K；5-7 % PEG 4000, 100 mM Bis-Tris, 100 mM NaCl, 5-50 mM Mg(OAc)2, 2 % Polypropylene glycol P400. Crystals were obtained by seeding, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
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分辨率 3.50 Å R-free 0.322 |
| 3ZN8 Structural Basis of Signal Sequence Surveillance and Selection by the SRP-SR Complex 提交 2013-02-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 M
307–431（125 aa）
片段：M, RESIDUES 327-431
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES-KOH, 100 MM KOAC, 8 MM MG(OAC)2, PH 7.5；pH 7.5；50 MM HEPES-KOH, 100 MM KOAC, 8 MM MG(OAC)2, PH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN；THE GRIDS WERE PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE USING A FEI MARK IV VITRIFICATION ROBOT AFTER BLOTTING FOR 1 S AT RT AND 100 PER CENT RELATIVE HUMIDITY
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分辨率 12.00 Å |
| 5L3S Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY 提交 2016-05-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–292（292 aa）
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未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES pH 5.8, 1.26 M ammonium sulfate
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分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 5L3S Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY 提交 2016-05-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–292（292 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES pH 5.8, 1.26 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 5L3S Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY 提交 2016-05-24 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–292（292 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES pH 5.8, 1.26 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 5L3S Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY 提交 2016-05-24 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–292（292 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES pH 5.8, 1.26 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 5L3V Structure of the crenarchaeal SRP54 GTPase bound to GDP 提交 2016-05-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–293（293 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CHES pH 6.0, 15 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
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分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 5L3V Structure of the crenarchaeal SRP54 GTPase bound to GDP 提交 2016-05-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–293（293 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CHES pH 6.0, 15 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |