当前蛋白身份：Q99835
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4JKV Structure of the human smoothened 7TM receptor in complex with an antitumor agent 提交 2013-03-11 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
190–555（366 aa）
片段：BRIL
链 B
190–555（366 aa）
片段：BRIL
|
突变：M7W, H101I, R107L 突变：M7W, H101I, R107L | 1KS 4-fluoro-N-methyl-N-{1-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-5-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl}-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 OLA OLEIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 7.8；293 K；100 mM HEPES, pH 7.8, 70 mM ammonium fluoride, 32% (v/v) PEG400, 4% 8% (v/v) P400, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.231 |
| 4N4W Structure of the human smoothened receptor in complex with SANT-1. 提交 2013-10-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
190–555（366 aa）
片段：Residues 190-555
|
突变：M29W, H124I, R128L | SNT (E)-N-(4-benzylpiperazin-1-yl)-1-(3,5-dimethyl-1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanimine × 2 ZN ZINC ION × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 6.9；293 K；NH4F 150mM, HEPES PH 6.9 100mM, PEG 400 27%, Jeffamine 2.5%, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.253 |
| 4O9R Human Smoothened Receptor structure in complex with cyclopamine 提交 2014-01-02 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
190–433（244 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
链 A
441–555（115 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
|
突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L | CY8 Cyclopamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 7；293 K；100 mM Hepes, 30 % (v/v) PEG 400, 100 mM NaCl , pH 7.0, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.278 |
| 4QIM Structure of the human smoothened receptor in complex with ANTA XV 提交 2014-05-31 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
190–433（244 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
链 A
441–555（115 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
|
突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L | A8T 2-{6-[4-(4-benzylphthalazin-1-yl)piperazin-1-yl]pyridin-3-yl}propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 7.2；293 K；100-115mM NH4Cl, 100mM HEPES pH7.2, 36% PEG400, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.263 |
| 4QIN Structure of the human smoothened receptor in complex with SAG1.5 提交 2014-05-31 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
190–433（244 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
链 A
441–555（115 aa）
片段：UNP Q99835 residues 190-433, P0ABE7 residues 23-128, Q99835 residues 441-555
|
突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L | SG8 3-chloro-4,7-difluoro-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-N-[3-(pyridin-4-yl)benzyl]-1-benzothiophene-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 6；293 K；100mM MgSO4, 100mM MES pH6.0, 30% PEG400, 2-3% Polypropylene glycol P 400, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5L7D Structure of human Smoothened in complex with cholesterol 提交 2016-06-03 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–428（397 aa）
片段：UNP residues 32-428,UNP residues 23-127,UNP residues 443-555
链 A
443–555（113 aa）
片段：UNP residues 32-428,UNP residues 23-127,UNP residues 443-555
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 30% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.264 |
| 5L7D Structure of human Smoothened in complex with cholesterol 提交 2016-06-03 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
32–428（397 aa）
片段：UNP residues 32-428,UNP residues 23-127,UNP residues 443-555
链 B
443–555（113 aa）
片段：UNP residues 32-428,UNP residues 23-127,UNP residues 443-555
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 30% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.264 |
| 5L7I Structure of human Smoothened in complex with Vismodegib 提交 2016-06-03 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–428（397 aa）
链 A
443–555（113 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 VIS 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 4；293 K；0.09 M sodium acetate pH4, 0.09 M sodium malonate, 27% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.257 |
| 5L7I Structure of human Smoothened in complex with Vismodegib 提交 2016-06-03 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
32–428（397 aa）
链 B
443–555（113 aa）
|
未记录 | VIS 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 MPG [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 4；293 K；0.09 M sodium acetate pH4, 0.09 M sodium malonate, 27% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.257 |
| 5V56 2.9A XFEL structure of the multi-domain human smoothened receptor (with E194M mutation) in complex with TC114 提交 2017-03-13 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
53–433（381 aa）
片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558
链 A
444–558（115 aa）
片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558
链 B
53–433（381 aa）
片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558
链 B
444–558（115 aa）
片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558
|
突变：E194E, P2A, Y98W 突变：E194E, P2A, Y98W 突变：E194E, P2A, Y98W 突变：E194E, P2A, Y98W | 836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG400, 50-200 mM Ammonium nitrate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.239 |
| 5V57 3.0A SYN structure of the multi-domain human smoothened receptor in complex with TC114 提交 2017-03-13 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
58–433（376 aa）
片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558
链 A
444–558（115 aa）
片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558
链 B
58–433（376 aa）
片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558
链 B
444–558（115 aa）
片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558
|
突变：P2A, Y98W 突变：P2A, Y98W 突变：P2A, Y98W 突变：P2A, Y98W | 836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG 400, 50-200 mM Ammonium nitrate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.240 |
| 6OT0 Structure of human Smoothened-Gi complex 提交 2019-05-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 R
1–555（555 aa）
片段：residues 1-555
|
未记录 | CO1 17-[3-(3,3-DIMETHYL-OXIRANYL)-1-METHYL-PROPYL]-10,13-DIMETHYL-2,3,4,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYC LOPENTA[A]PHENANTHREN-3-OL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
|
分辨率 3.84 Å |
| 6XBJ Structure of human SMO-D384R complex with Gi 提交 2020-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–644（644 aa）
|
突变：D384R | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 6XBK Structure of human SMO-G111C/I496C complex with Gi 提交 2020-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–644（644 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 6XBL Structure of human SMO-Gi complex with SAG 提交 2020-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–644（644 aa）
|
未记录 | V0S 3-chloro-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-N-{[3-(pyridin-4-yl)phenyl]methyl}-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 6XBM Structure of human SMO-Gi complex with 24(S),25-EC 提交 2020-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–644（644 aa）
|
未记录 | CO1 17-[3-(3,3-DIMETHYL-OXIRANYL)-1-METHYL-PROPYL]-10,13-DIMETHYL-2,3,4,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYC LOPENTA[A]PHENANTHREN-3-OL × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 7ZI0 Structure of human Smoothened in complex with cholesterol and SAG 提交 2022-04-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–428（397 aa）
链 A
443–555（113 aa）
|
未记录 | V0S 3-chloro-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-N-{[3-(pyridin-4-yl)phenyl]methyl}-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 MPG [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1 M MES pH6.0,
0.09-0.12 M potassium formate,
24-27% (v/v) PEG500 DME,
0.5 mM zinc chloride,
0.1 M ammonium fluoride
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.275 |
| 7ZI0 Structure of human Smoothened in complex with cholesterol and SAG 提交 2022-04-07 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
32–428（397 aa）
链 B
443–555（113 aa）
|
未记录 | V0S 3-chloro-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-N-{[3-(pyridin-4-yl)phenyl]methyl}-1-benzothiophene-2-carboxamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1 M MES pH6.0,
0.09-0.12 M potassium formate,
24-27% (v/v) PEG500 DME,
0.5 mM zinc chloride,
0.1 M ammonium fluoride
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.275 |