当前蛋白身份：Q9BZ95
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2DAQ Solution structure of second PWWP domain of WHSC1L1 protein 提交 2005-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
957–1053（97 aa）
片段：PWWP domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
0.60mM PWWP domain; U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2NCZ Solution NMR structures of BRD4 ET domain in complex with NSD3_1 peptide 提交 2016-04-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
152–163（12 aa）
片段：residues 152-163
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2ND1 Solution NMR structures of BRD4 ET domain in complex with NSD3_3 peptide 提交 2016-04-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
593–605（13 aa）
片段：residues 593-605
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4GND Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains 提交 2012-08-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Hepes, 1.1M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.219 |
| 4GND Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains 提交 2012-08-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Hepes, 1.1M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.219 |
| 4GNE Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-7 提交 2012-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris-HCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.178 |
| 4GNF Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15 提交 2012-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.205 |
| 4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1310–1413（104 aa）
片段：UNP RESIDUES 1310-1413
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4RXJ crystal structure of WHSC1L1-PWWP2 提交 2014-12-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
953–1064（112 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 3.5；293 K；25% w/v PEG3350, 10% citric acid, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.272 |
| 5UPD Methyltransferase domain of human Wolf-Hirschhorn Syndrome Candidate 1-Like protein 1 (WHSC1L1) 提交 2017-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1054–1285（232 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG-5000-MME, 0.1 M bis-tris, 0.02 M sarcosine
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.218 |
| 6CEN Crystal Structure of WHSC1L1 in Complex with Inhibitor PEP21 提交 2018-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1058–1285（228 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% w/v PEG5000MME
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.215 |
| 6G24 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 3 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EH2 2-[(~{E})-2-thiophen-2-ylethenyl]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.235 |
| 6G25 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 4 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHQ 3,5-dimethyl-4-(4-pyridin-4-yl-1~{H}-pyrazol-3-yl)-1,2-oxazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.229 |
| 6G27 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 5 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHE 5-methyl-6-phenyl-2-piperidin-4-yl-pyridazin-3-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.227 |
| 6G29 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 6 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHK 5-methyl-2-piperidin-4-yl-6-pyridin-4-yl-pyridazin-3-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 6G2B X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 8 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EH8 4-(3-methyl-5-phenyl-imidazol-4-yl)pyridine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.225 |
| 6G2C X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 9 提交 2018-03-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHT 3,5-dimethyl-4-(1-methyl-5-pyridin-4-yl-imidazol-4-yl)-1,2-oxazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.230 |
| 6G2E X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 13 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHH [3,5-dimethyl-4-(1-methyl-5-pyridin-4-yl-imidazol-4-yl)phenyl]methanamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.252 |
| 6G2F X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 16 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EHW 4-[5-(7-fluoranylquinolin-4-yl)-1-methyl-imidazol-4-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.211 |
| 6G2O X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound BI-9321 提交 2018-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
263–398（136 aa）
|
未记录 | EJE [4-[5-(7-fluoranylquinolin-4-yl)-1-methyl-imidazol-4-yl]-3,5-dimethyl-phenyl]methanamine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.224 |
| 6G3P X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
247–398（152 aa）
片段：UNP residues 247-398
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 6G3P X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
247–398（152 aa）
片段：UNP residues 247-398
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 6G3P X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
247–398（152 aa）
片段：UNP residues 247-398
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 6G3P X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
247–398（152 aa）
片段：UNP residues 247-398
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
247–398（152 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.274 |
| 6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
247–398（152 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.274 |
| 6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
247–398（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.274 |
| 6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
247–398（152 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.274 |
| 7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 I
680–1437（758 aa）
|
突变：E1181K, T1232A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 I
680–1437（758 aa）
链 L
680–1437（758 aa）
|
突变：E1181K, T1232A 突变：E1181K, T1232A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.15 Å |
| 7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 I
680–1437（758 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.48 Å |
| 7JYN Solution NMR structure of human Brd3 ET complexed with NSD3(148-184) peptide 提交 2020-08-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
148–184（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.25 mM NSD3(148-184), 0.25 mM U-100% 13C; U-100% 15 Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |