当前蛋白身份：Q9BZV1
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6SAP Structure of the PUB domain from Ubiquitin Regulatory X domain protein 1 (UBXD1) 提交 2019-07-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
150–264（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
900 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
500 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 100 % [U-99% 2H] D2O, 0.1 mM DSS, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
700 uM [U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 8FCL Cryo-EM structure of p97:UBXD1 closed state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.51 Å |
| 8FCM Cryo-EM structure of p97:UBXD1 open state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.27 Å |
| 8FCN Cryo-EM structure of p97:UBXD1 VIM-only state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
链 H
1–441（441 aa）
链 I
1–441（441 aa）
链 J
1–441（441 aa）
链 K
1–441（441 aa）
链 L
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 2.95 Å |
| 8FCO Cryo-EM structure of p97:UBXD1 meta state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
链 H
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.31 Å |
| 8FCP Cryo-EM structure of p97:UBXD1 para state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
链 H
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.52 Å |
| 8FCQ Cryo-EM structure of p97:UBXD1 PUB-in state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 3.93 Å |
| 8FCR Cryo-EM structure of p97:UBXD1 H4-bound state 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0
|
分辨率 4.12 Å |
| 8FCT Cryo-EM structure of p97:UBXD1 lariat mutant 提交 2022-12-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–441（441 aa）
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突变：E299R, R302E, R307E, E312R | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait time 10 sec, blot time 4 sec, blot force 0
|
分辨率 3.42 Å |