当前蛋白身份：Q9GZZ9
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3GUC Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with AMPPNP 提交 2009-03-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
57–329（273 aa）
链 B
57–329（273 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；287 K；1 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE,0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 287K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.255 |
| 3H8V Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with ATP 提交 2009-04-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
57–329（273 aa）
片段：residues 57-329
链 B
57–329（273 aa）
片段：residues 57-329
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.2；287 K；1 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.224 |
| 5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
57–346（290 aa）
片段：UNP residues 57-346
链 B
57–346（290 aa）
片段：UNP residues 57-346
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.206 |
| 5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
68–346（279 aa）
链 B
68–346（279 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.222 |
| 6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
36–346（311 aa）
链 B
36–346（311 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 6H77 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL 提交 2018-07-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
36–346（311 aa）
链 D
36–346（311 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
36–335（300 aa）
链 B
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
36–335（300 aa）
链 D
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
36–335（300 aa）
链 F
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
36–335（300 aa）
链 H
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
36–335（300 aa）
链 J
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
36–335（300 aa）
链 L
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
36–335（300 aa）
链 N
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30 | Assembly 8 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 O
36–335（300 aa）
链 P
36–335（300 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 6H8C Structure of the human GABARAPL2 protein in complex with the UBA5 LIR motif 提交 2018-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
333–348（16 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GABARAPL2, 1.0 mM No Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM No GABARAPL2, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7NVK Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 提交 2021-03-15 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
347–404（58 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate
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分辨率 2.65 Å R-free 0.264 |
| 7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 FFF
389–404（16 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.280 |
| 7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 CCC
389–404（16 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.280 |
| 7OVC Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif. 提交 2021-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
381–404（24 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |