当前蛋白身份：Q9H1Y0
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4GDK Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–275（275 aa）
链 E
1–275（275 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M Hepes pH7.5, 0.2 M lithium citrate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.236 |
| 4GDL Crystal Structure of Human Atg12~Atg5 Conjugate in Complex with an N-terminal Fragment of Atg16L1 提交 2012-07-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–275（275 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PROTEIN: 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 0.001 M DTT; RESERVOIR: 0.1M BICINE pH9.0, 0.2 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.88 Å R-free 0.254 |
| 4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–275（275 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.215 |
| 4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–275（275 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.215 |
| 4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 J
1–275（275 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.215 |
| 4NAW Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 提交 2013-10-22 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 N
1–275（275 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.215 |
| 4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.274 |
| 4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.274 |
| 4TQ0 Crystal structure of human ATG5-ATG16N69 提交 2014-06-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 400, MgCl2, KCl, Tris-HCl
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.274 |
| 4TQ1 Crystal structure of human ATG5-TECAIR 提交 2014-06-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MPD, PEG 1000, PEG 3350, alcohols, MES-imdazole
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
链 C
1–275（275 aa）
|
突变：E122D 突变：E122D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.244 |
| 5D7G Structure of human ATG5 E122D-ATG16L1 complex at 3.0 Angstroms 提交 2015-08-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–275（275 aa）
链 G
1–275（275 aa）
|
突变：E122D 突变：E122D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Micro crystal: 37.5 mM MES, pH 5.2 to pH 5.8, 0.2 M sodium tartrate, and 11 to 13% polyethylene glycol 3350; Micor seeding condition:40 mM MES, pH 5.5, 0.2M sodium tartrate, 8.5% PEG3350, 10 mM DTT
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.244 |
| 5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.278 |
| 5NPV Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (I4) 提交 2017-04-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.76；293 K；0.1 M MES pH 5.76, 0.378 M KCl, 21.7 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.278 |
| 5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 5NPW Structure of human ATG5-ATG16L1(ATG5BD) complex (C2) 提交 2017-04-19 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.4 M KCl and 18 % PEG 3350
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7W36 Crystal structure of human Atg5 complexed with a stapled peptide 提交 2021-11-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.287 |