当前蛋白身份：Q9JK66
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KNB Solution NMR structure of the parkin Ubl domain in complex with the endophilin-A1 SH3 domain 提交 2009-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl, 1.2 mM SH3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SH3, 1.2 mM Ubl, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl, 1.6 mM SH3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SH3, 1.6 mM Ubl, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 15N] Ubl, 1.6 mM SH3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 15N] SH3, 1.6 mM Ubl, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4K7D Crystal Structure of Parkin C-terminal RING domains 提交 2013-04-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
片段：C-terminal RING domains (141-465)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MLI MALONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 5% (v/v) glycerol, 56 mM 2-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 4K7D Crystal Structure of Parkin C-terminal RING domains 提交 2013-04-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
141–465（325 aa）
片段：C-terminal RING domains (141-465)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MLI MALONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 5% (v/v) glycerol, 56 mM 2-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 4K7D Crystal Structure of Parkin C-terminal RING domains 提交 2013-04-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
141–465（325 aa）
片段：C-terminal RING domains (141-465)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MLI MALONATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.9 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 5% (v/v) glycerol, 56 mM 2-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.233 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 L
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4K95 Crystal Structure of Parkin 提交 2013-04-19 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 I
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；22.5% PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% (v/v) glycerol, 3% sorbitol and 25 mM 2-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 6.50 Å R-free 0.327 |
| 4ZYN Crystal Structure of Parkin E3 ubiquitin ligase (linker deletion; delta 86-130) 提交 2015-05-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.3M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.235 |
| 4ZYN Crystal Structure of Parkin E3 ubiquitin ligase (linker deletion; delta 86-130) 提交 2015-05-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.3M Ammonium Sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 18% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.235 |
| 8W31 Crystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound 提交 2024-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
145–379（235 aa）
片段：residues 145-379
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 A1AE9 (S)-1-(6-benzyl-3-(4-(1,2,3,4-tetrahydroquinoline-1-carbonyl)phenyl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.294 |