当前蛋白身份：Q9NVP1
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3LY5 DDX18 dead-domain 提交 2010-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
149–387（239 aa）
片段：DEAD-domain, residues 149-387
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.1 M HEPES pH 6.6, 0.2 M sodium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 3LY5 DDX18 dead-domain 提交 2010-02-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
149–387（239 aa）
片段：DEAD-domain, residues 149-387
|
未记录 | SCN THIOCYANATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.1 M HEPES pH 6.6, 0.2 M sodium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.274 |
| 8FKP Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 54 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the Vitrobot.
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分辨率 2.85 Å |
| 8FKQ Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State A2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 51 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.76 Å |
| 8FKR Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 54 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.89 Å |
| 8FKS Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.88 Å |
| 8FKT Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 64 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.81 Å |
| 8FKU Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 58 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.82 Å |
| 8FKV Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 65 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.47 Å |
| 8FKW Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D2) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 59 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.50 Å |
| 8FKX Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State E) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.59 Å |
| 8FKY Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State F) 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 SW
1–670（670 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 70 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
|
分辨率 2.67 Å |