当前蛋白身份：Q9UNA4
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1T3N Structure of the catalytic core of DNA polymerase Iota in complex with DNA and dTTP 提交 2004-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
27–414（388 aa）
链 B
27–414（388 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.286 |
| 2ALZ Ternary Complex of hPoli with DNA and dCTP 提交 2005-08-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
25–414（390 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES
buffer, pH 6.5, hanging drop, pH 6.50
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 2DPI Ternary complex of hPoli with DNA and dCTP 提交 2006-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：residues 1-420
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.278 |
| 2DPJ structure of hPoli with DNA and dTTP 提交 2006-05-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：residues 1-420
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.277 |
| 2FLL Ternary complex of human DNA polymerase iota with DNA and dTTP 提交 2006-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 2FLN binary complex of catalytic core of human DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2006-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.279 |
| 2FLP Binary complex of the catalytic core of human DNA polymerase iota with DNA (template G) 提交 2006-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.276 |
| 2KHU Solution Structure of the Ubiquitin-Binding Motif of Human Polymerase Iota 提交 2009-04-11 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
676–715（40 aa）
片段：UNP residues 304-357, 676-715
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；25 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D2O-1, 1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] H2O-2, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KHW Solution Structure of the human Polymerase iota UBM2-Ubiquitin Complex 提交 2009-04-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
676–715（40 aa）
片段：UNP residues 304-357, 676-715
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 15N] entity_1-1, 4 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 15N] entity_1-3, 3 mM [U-100% 15N] entity_2-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-5, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-6, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-7, 4 mM entity_2-8, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KTF Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 in complex with ubiquitin 提交 2010-02-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
679–707（29 aa）
片段：Ubiquitin biding motif UBM2
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 3.5 mM peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2.5 mM protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L0F Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 (P692A mutant) in complex with ubiquitin 提交 2010-07-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
674–715（42 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L0G Solution NMR structure of ubiquitin-binding motif (UBM2) of human polymerase iota 提交 2010-07-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
679–707（29 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
516–555（40 aa）
片段：UNP P06654 residues 229-282, UNP Q9UNA4 residues 516-555
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成
3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3EPG Structure of Human DNA Polymerase Iota complexed with N2-ethylguanine 提交 2008-09-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：Catalytic Fragment (UNP residues 1-420)
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12-15% PEG MME 5000, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.283 |
| 3EPI Structure of Human DNA Polymerase Iota complexed with N2-ethylguanine and incoming TTP 提交 2008-09-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：Catalytic Fragment (UNP residues 1-420)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；12-15% PEG MME 5000, 0.2-0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.282 |
| 3G6V DNA synthesis across an abasic lesion by human DNA polymerase-iota 提交 2009-02-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals grew over a period of one day, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.251 |
| 3G6X Ternary complex of DNA Polymerase iota:DNA:dGTP with an abasic site at the templating position 提交 2009-02-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals grew in 24 hours, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.265 |
| 3G6Y Ternary complex of DNA Polymerase iota:DNA:dTTP with an abasic site at the templating position 提交 2009-02-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；crystals grew in 24 hours, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.253 |
| 3GV5 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming ddADP 提交 2009-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 ADI 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 0.15 M CaCl2, 5% glycerol, 0.005M DTT, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 3GV5 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming ddADP 提交 2009-03-30 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–420（420 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 4 ADI 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 7.5；298 K；15% PEG 3350, 0.15 M CaCl2, 5% glycerol, 0.005M DTT, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 3GV7 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming dTTP 提交 2009-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.5；15% PEG 5000MME, 0.2M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 5% glycerol, hanging drop
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.258 |
| 3GV8 Human DNA polymerase iota in complex with T template DNA and incoming dGTP 提交 2009-03-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 6.5；15% PEG 5000MME, 0.2M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 5% glycerol, hanging drop
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 3H40 Binary complex of human DNA polymerase iota with template U/T 提交 2009-04-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–414（389 aa）
片段：UNP residues 26-414, UmuC domain, DNA binding domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15 % PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.277 |
| 3H4B Ternary complex of human DNA polymerase iota with template U/T and incoming dATP 提交 2009-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
25–414（390 aa）
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES , pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.281 |
| 3H4D Ternary complex of human DNA polymerase iota with template U/T and incoming dGTP 提交 2009-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
25–414（390 aa）
片段：polymerase iota
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10-15% PEG 5K MME, 0.2-0.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.270 |
| 3NGD Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-methylguanine by Human DNA Polymerase Iota 提交 2010-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：Catalytic Fragment, 1-420
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 12.5% PEG 5000 monomethylether, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.284 |
| 3OSN Structural Basis for Proficient Incorporation of dTTP Opposite O6-Methylguanine by Human DNA Polymerase Iota 提交 2010-09-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–420（420 aa）
片段：Catalytic fragment, residues 1-420
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 12.5% PEG 5000 monomethylether, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.241 |
| 3Q8P Human DNA polymerase iota incorporating dCTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
片段：UNP residues 1-420
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 3Q8Q Human DNA polymerase iota incorporating dATP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
片段：UNP residues 1-420
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.253 |
| 3Q8R Human DNA polymerase iota incorporating dGTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
片段：UNP residues 1-420
|
未记录 | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.280 |
| 3Q8S Human DNA polymerase iota incorporating dTTP opposite 8-oxo-guanine 提交 2011-01-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–420（420 aa）
片段：UNP residues 1-420
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.15M NH4SO4, 0.1M MES 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.266 |
| 4EBC Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota 提交 2012-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | 0OH North-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.253 |
| 4EBD Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota 提交 2012-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | 0OJ South-methanocarba-2'-deoxyadenosine triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 12% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.263 |
| 4EBE Conformationally Restrained North-methanocarba-2'-deoxyadenosine Corrects the Error-Prone Nature of Human DNA Polymerase Iota 提交 2012-03-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 7.9, 5% glycerol, 10 mM 2-mercaptoethanol, 150 mM calcium chloride, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 4EYH Human DNA polymerase iota incorporating dCTP opposite N-(deoxyguanosin-8-yl)-1-aminopyrene lesion 提交 2012-05-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.2 M MH4SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.281 |
| 4EYI Human DNA polymerase iota incorporating dATP opposite N-(deoxyguanosin-8-yl)-1-aminopyrene lesion 提交 2012-05-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 B
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；15% PEG 5000MME, 0.2 M NH4SO4, 0.1M MES pH 6.5, 2.5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4FS1 Base pairing mechanism of N2,3-ethenoguanine with dTTP by human polymerase iota 提交 2012-06-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.9；277 K；210 microM polymerase iota, 253 microM DNA complex, 10 mM MgCl2, 20 mM dTTP; mix 1:1 ratio with precipitant, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.3 M (NH4)2SO4, 17% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 4FS2 Base pairing mechanism of N2,3-ethenoguanine with dCTP by human polymerase iota 提交 2012-06-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.9；277 K；210 microM polymerase iota, 253 microM DNA complex, 10 mM MgCl2, 20 mM dTTP; mix 1:1 ratio with precipitant, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.3 M (NH4)2SO4, 17% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.261 |
| 5KT2 Teranry complex of human DNA polymerase iota(26-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；13% PEG MME 5000, 0.1M MES, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.249 |
| 5KT3 Teranry complex of human DNA polymerase iota(26-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
片段：UNP residues 26-445
|
未记录 | 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.248 |
| 5KT4 Teranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–445（445 aa）
片段：UNP residues 1-445
|
未记录 | 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.249 |
| 5KT5 Teranry complex of human DNA polymerase iota R96G inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–445（445 aa）
片段：UNP residues 1-445
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.266 |
| 5KT6 Teranry complex of human DNA polymerase iota(1-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mg2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–445（445 aa）
片段：UNP residues 1-445
|
未记录 | 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.244 |
| 5KT7 Teranry complex of human DNA polymerase iota(1-445) inserting dCMPNPP opposite template G in the presence of Mn2+ 提交 2016-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–445（445 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 0KX 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；18% PEG MME 5000, 0.1M MES buffer, 0.3M ammonium sulfate
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.236 |
| 5ULW Structure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl-deoxyadenosine 提交 2017-01-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；50 mM MES, pH 6.0, 18 % PEG 5KMME, 0.4 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.248 |
| 5ULX Structure of human DNA polymerase iota bound to template 1-methyl-deoxyadenosine crystallized in the presence of dCTP 提交 2017-01-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100 mM MES, pH 6.0, 14 % PEG 5KMME, 0.4 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.239 |
| 9DDR Ternary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (template A), Ca2+, and dTTP 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5-1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.280 |
| 9DQT Binary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.364 |
| 9DQU Product complex of DNA polymerase iota with Pyrophosphate 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.278 |
| 9DR7 Product complex of DNA polymerase iota with 2 monophosphates 提交 2024-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.312 |
| 9DR9 Binary product complex of DNA polymerase iota with DNA 提交 2024-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.297 |
| 9DRB Binary complex of DNA polymerase iota with product DNA 提交 2024-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.324 |
| 9DRC Ternary substrate complex of DNA polymerase iota R71A mutant with DNA (template A) and dTTP 提交 2024-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 - 1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.294 |
| 9NJH Translocated product complex of DNA polymerase iota with DNA (template A) 提交 2025-02-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
26–445（420 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；100 mM HEPES pH 7
1.5 -1.8 M Ammonium Sulfate
5 mM EDTA
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.288 |