当前蛋白身份：Q9Y2K7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2YU1 Crystal structure of hJHDM1A complexed with a-ketoglutarate 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–383（383 aa）
片段：residues 1-383, residues 450-517
链 A
450–517（68 aa）
片段：residues 1-383, residues 450-517
|
突变：K252S 突变：K252S | FE2 FE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.273 |
| 2YU2 Crystal structure of hJHDM1A without a-ketoglutarate 提交 2007-04-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–383（383 aa）
片段：residues 1-383, residues 450-517
链 A
450–517（68 aa）
片段：residues 1-383, residues 450-517
|
突变：K252S 突变：K252S | FE2 FE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.287 |
| 4BBQ Crystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-specific Demethylase 2A (KDM2A)(FBXL11) 提交 2012-09-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
567–681（115 aa）
片段：CXXC AND PHD DOMAIN, RESIDUES 567-681
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 20%(W/V) PEG METHYL ETHER 5000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.221 |
| 4BBQ Crystal structure of the CXXC and PHD domain of Human Lysine-specific Demethylase 2A (KDM2A)(FBXL11) 提交 2012-09-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
567–681（115 aa）
片段：CXXC AND PHD DOMAIN, RESIDUES 567-681
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1M BIS-TRIS, PH 6.5, 20%(W/V) PEG METHYL ETHER 5000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.221 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
888–932（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
888–932（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
888–932（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.294 |
| 6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
888–932（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.317 |
| 6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
888–932（45 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.317 |
| 7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–685（684 aa）
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未记录 | OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 3.20 Å |