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蛋白结构与聚集状态

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当前蛋白身份：Q9Y3C8 重新检索
27PDB条目
32Biological assembly
32链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

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PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
2K07 Solution NMR structure of human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-01-25 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）na；压力 ambient
NMR样品组成 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein UFC1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2Z6O Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；28% (w/v) PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.221
2Z6P Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 10%(w/v) dioxan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 B 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 C 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 D 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.54 Å R-free 0.279
7NVJ Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A 提交 2021-03-15 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：Y110A, F121A GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 2M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
7NVK Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 提交 2021-03-15 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate
分辨率 2.65 Å R-free 0.264
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride
分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 BBB 1–167（167 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride
分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7OVC Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif. 提交 2021-06-14 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
突变：C116K EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate
分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8C0D UFL1/DDRGK1 bound to UFC1 提交 2022-12-16 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致
链 C 1–167（167 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4
分辨率 2.56 Å R-free 0.286
8C0D UFL1/DDRGK1 bound to UFC1 提交 2022-12-16 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致
链 F 1–167（167 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4
分辨率 2.56 Å R-free 0.286
9GLH Crystal Structure of UFC1 T106S 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：T106S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4M Sodium Malonate dibasic monohydrate pH 6.0.
分辨率 1.11 Å R-free 0.192
9GLI Crystal Structure of UFC1 T106C 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M Ammonium Citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0.
分辨率 1.43 Å R-free 0.208
9GLJ Crystal Structure of UFC1 T106A 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：T106A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate.
分辨率 1.21 Å R-free 0.199
9GLK Crystal Structure of UFC1 E149I 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：E149I IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate
分辨率 2.03 Å R-free 0.247
9GLL Crystal Structure of UFC1 T106L 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：T106L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；1.4M Sodium potassium monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 9.0
分辨率 1.65 Å R-free 0.231
9GLM Crystal Structure of UFC1 W145F 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：W145F GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate; 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0
分辨率 1.79 Å R-free 0.238
9GLN Crystal Structure of UFC1 C116E 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：C116E GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M smmonium sulfate.
分辨率 1.92 Å R-free 0.227
9GLO Crystal Structure of UFC1 C116E&T106S 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：C116E, T106S GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.208
9GLP Crystal Structure of UFC1 C116E&T106I 提交 2024-08-27 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：C116E, T106I GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.
分辨率 1.77 Å R-free 0.200
9GMM Crystal Structure of UFC1 T106I 提交 2024-08-29 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：T106I GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0
分辨率 1.35 Å R-free 0.201
9GMN Crystal Structure of UFC1 T106V 提交 2024-08-29 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：T106V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0.
分辨率 2.00 Å R-free 0.231
9GN8 Crystal Structure of UFC1 E149D 提交 2024-08-31 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：E149D EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate Ph 7.0, 0.1M Hepes pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.96 Å R-free 0.257
9I9M Crystal structure of chimeric UFC1, TAK MotiF replaced with HPN motif of other E2 proteins 提交 2025-02-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 20% w/v 2-propanol, 20% w/v PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.209
9I9N Crystal Structure of UFC1 C116E & K108A 提交 2025-02-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：C116E, K108A GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.0, 2M Ammonium sulfate
分辨率 1.88 Å R-free 0.229
9I9O Crystal Structure of UFC1 K108M 提交 2025-02-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：K108M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium Hepes pH 7.0, 20%w/v PEG 4000
分辨率 2.05 Å R-free 0.253
9I9P Crystal Structure of UFC1 W145H 提交 2025-02-06 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：W145H GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350
分辨率 2.02 Å R-free 0.267
9IA8 Crystal Structure of UFC1 K108R 提交 2025-02-08 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
突变：K08R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2M Ammonium Sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.247

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。