当前蛋白身份：Q9Y572
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12KL SSNMR Structure of Anti-necroptosis Viral:Human Functional Hetero-amyloid M45:RIPK3 提交 2026-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
388–518（131 aa）
链 C
388–518（131 aa）
链 E
388–518（131 aa）
链 G
388–518（131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 7.4；285 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
5 mM U-13C,15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成
5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, water | water
NMR样品组成
5 mM U-13C,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成
5 mM U-13C,15N RIPK3, water | water
NMR样品组成
5 mM U-13C,15N M45, water | water
NMR样品组成
5 mM 1,3-13C-glycerol, 15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成
5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成
5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成
5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成
5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N M45, water | water
|
分辨率未提供 |
| 5ZCK Structure of the RIP3 core region 提交 2018-02-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
458–461（4 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 20% (v/v) PEG 200
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.152 |
| 7DA4 Cryo-EM structure of amyloid fibril formed by human RIPK3 提交 2020-10-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
388–518（131 aa）
片段：C-terminal domain
链 B
388–518（131 aa）
片段：C-terminal domain
链 C
388–518（131 aa）
片段：C-terminal domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.24 Å |
| 7DAC Human RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR 提交 2020-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
418–518（101 aa）
链 B
418–518（101 aa）
链 C
418–518（101 aa）
链 D
418–518（101 aa）
链 E
418–518（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLID-STATE NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
5 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
5 mg/mL [U-100% 2-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
5 mg/mL [U-100% 1, 3-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
5 mg/mL [U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7MON Structure of human RIPK3-MLKL complex 提交 2021-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–316（316 aa）
|
突变：C3S, C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZL1 N-[4-({2-[(cyclopropanecarbonyl)amino]pyridin-4-yl}oxy)-3-fluorophenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281.15 K；0.2 M ammonium acetate
30%w/v PEG 4000
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.260 |
| 7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.23 Å R-free 0.285 |
| 7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.23 Å R-free 0.285 |
| 7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.23 Å R-free 0.285 |
| 7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.23 Å R-free 0.285 |
| 8Z94 Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril 提交 2024-04-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
388–518（131 aa）
链 B
388–518（131 aa）
链 C
388–518（131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.56 Å |
| 9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.319 |
| 9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–315（314 aa）
|
突变：C3S, C110A | A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.319 |