当前蛋白身份：Q9Y580
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2M8H RRM domain of human RBM7 提交 2013-05-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4–94（91 aa）
片段：unp residues 4-94
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成
0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RBM7, 20 mM BISTRIS, 4 mM beta-mercaptoethanol, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5IQQ Crystal structure of the human RBM7 RRM domain 提交 2016-03-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–91（91 aa）
片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91
链 B
1–91（91 aa）
片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91
链 C
1–91（91 aa）
片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91
链 D
1–91（91 aa）
片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91
链 E
1–91（91 aa）
片段：RNA recognition motif, UNP residues 1-91
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；292 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 150 mM KCl, 1.4 M tri-sodium citrate
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分辨率 2.52 Å R-free 0.244 |
| 5LXR Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–86（86 aa）
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未记录 | SM SAMARIUM (III) ION × 3 BR BROMIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5
0.2 M NaBr
18% (v/v) PEG3350
7% (w/v) glycerol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.229 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 5LXY Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex 提交 2016-09-23 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
1–86（86 aa）
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris-Propane
0.2 M NaBr
0.1 M Sodium malonate
20% (w/v) PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.300 |
| 7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 C
7–86（80 aa）
链 G
7–86（80 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
|
分辨率 4.06 Å |
| 7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 C
7–86（80 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
|
分辨率 3.62 Å |