当前蛋白身份：Q9Y5A7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1WJU Solution structure of N-terminal ubiquitin-like domain of human NEDD8 ultimate buster-1 提交 2004-05-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
75–161（87 aa）
片段：Ubiquitin-like domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1mM Ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 8USB Non-substrate-engaged human 26S proteasome with Nub1/FAT10 bound to Rpn1 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric（27） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.73 Å |
| 8USC Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8USD Rpn1/Nub1UBL-focused alignment of the non-substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 g
1–254（254 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 9E8G Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt5 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9E8H Human proteasome in resting state conformation bound to TXNL1 in backward conformation 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric（27） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9E8I Human proteasome in resting state conformation bound to TXNL1 in Forward conformation 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric（27） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 9E8J Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt1 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9E8L Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt4 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 g
1–601（601 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |