当前蛋白身份：V9P0A9
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4D06 Bacterial chalcone isomerase complexed with naringenin 提交 2014-04-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 F
1–283（283 aa）
|
未记录 | NAR NARINGENIN × 7 CL CHLORIDE ION × 17 X8W (2E)-3-(4-hydroxyphenyl)-1-(2,4,6-trihydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 380 MIKROM NARINGENIN CHALCONE DISSOLVED IN ETHANOL
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.163 |
| 4D4F Mutant P250A of bacterial chalcone isomerase from Eubacterium ramulus 提交 2014-10-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 F
1–283（283 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | GOL GLYCEROL × 11 CL CHLORIDE ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE; CRYO: 2.4 M AMMONIUM SULPHATE, 22% GLYCEROL, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.175 |
| 8B7R Bacterial chalcone isomerase with taxifolin chalcone 提交 2022-10-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 F
1–283（283 aa）
|
未记录 | Q0X (Z)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-oxidanyl-1-[2,4,6-tris(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 6 CL CHLORIDE ION × 26 K POTASSIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.8 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5.
Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.190 |
| 8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 K
1–283（283 aa）
链 L
1–283（283 aa）
链 M
1–283（283 aa）
链 N
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CL CHLORIDE ION × 18 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8.
Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5.
Hanging drop 2+2 ul.
soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.225 |
| 8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 F
1–283（283 aa）
链 G
1–283（283 aa）
链 H
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 CL CHLORIDE ION × 16 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8.
Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5.
Hanging drop 2+2 ul.
soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.225 |
| 8B7U Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 I
1–283（283 aa）
链 J
1–283（283 aa）
链 O
1–283（283 aa）
链 P
1–283（283 aa）
链 Q
1–283（283 aa）
链 R
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 11 CL CHLORIDE ION × 13 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8.
Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5.
Hanging drop 2+2 ul.
soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.225 |
| 8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–283（283 aa）
链 B
1–283（283 aa）
链 K
1–283（283 aa）
链 L
1–283（283 aa）
链 M
1–283（283 aa）
链 N
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 16 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–283（283 aa）
链 D
1–283（283 aa）
链 E
1–283（283 aa）
链 F
1–283（283 aa）
链 G
1–283（283 aa）
链 H
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 12 SO4 SULFATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |
| 8B7Z Bacterial chalcone isomerase H33A with taxifolin 提交 2022-10-03 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 I
1–283（283 aa）
链 J
1–283（283 aa）
链 O
1–283（283 aa）
链 P
1–283（283 aa）
链 Q
1–283（283 aa）
链 R
1–283（283 aa）
|
突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A 突变：H33A | DQH (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE × 17 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6.8 mg/ml CHI 50 mM Na phosphate, pH 6.8. Precipitant 1.5 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5. Soaking for 10 min in 2.5 mM taxifolin (2.5% ethanol)
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.268 |